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Comment installer pydot et graphviz?

Je lance un code qui nécessite pydot et graphviz. J'utilise python 3.5 et Ubuntu 16.04 LTS 64 bits.

  File "/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/keras/utils/vis_utils.py", line 17, in _check_pydot
    raise ImportError('Failed to import pydot. You must install pydot'
ImportError: Failed to import pydot. You must install pydot and graphviz for `pydotprint` to work.

J'ai googlé un peu puis j'ai découvert que je pouvais installer pydot avec le code pip install pydot. Mais je sais obtenir cette erreur. Je suis noob à Ubuntu et je ne comprends pas quoi faire. alors comment puis-je installer pydot?

deeplearning@deep-learning-virtual-machine:~$ pip install pydot
Collecting pydot
Collecting pyparsing>=2.1.4 (from pydot)
  Using cached pyparsing-2.2.0-py2.py3-none-any.whl
Installing collected packages: pyparsing, pydot
  Found existing installation: pyparsing 2.0.3
    Uninstalling pyparsing-2.0.3:
Exception:
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/lib/python3.5/shutil.py", line 538, in move
    os.rename(src, real_dst)
PermissionError: [Errno 13] Permission denied: '/usr/lib/python3/dist-packages/__pycache__/pyparsing.cpython-35.pyc' -> '/tmp/pip-45miiuxw-uninstall/usr/lib/python3/dist-packages/__pycache__/pyparsing.cpython-35.pyc'

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/pip/basecommand.py", line 215, in main
    status = self.run(options, args)
  File "/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/pip/commands/install.py", line 342, in run
    prefix=options.prefix_path,
  File "/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/pip/req/req_set.py", line 778, in install
    requirement.uninstall(auto_confirm=True)
  File "/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/pip/req/req_install.py", line 754, in uninstall
    paths_to_remove.remove(auto_confirm)
  File "/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/pip/req/req_uninstall.py", line 115, in remove
    renames(path, new_path)
  File "/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/pip/utils/__init__.py", line 267, in renames
    shutil.move(old, new)
  File "/usr/lib/python3.5/shutil.py", line 553, in move
    os.unlink(src)
PermissionError: [Errno 13] Permission denied: '/usr/lib/python3/dist-packages/__pycache__/pyparsing.cpython-35.pyc'
16.04python3pip
22
Kong

python-pydot et graphviz se trouvent dans les référentiels Ubuntu par défaut dans toutes les versions actuellement prises en charge d’Ubuntu. Dans toutes les versions actuellement prises en charge d'Ubuntu, ouvrez le terminal et tapez:

Sudo apt install python-pydot python-pydot-ng graphviz # python-pydot-ng isn't in the 14.04 repos

Ce organigramme a été créé avec graphviz sous Ubuntu. Dans la mesure où graphviz utilise le langage de programmation par points intégré inclus dans le package graphviz, le code source du diagramme lié est modifiable dans tout éditeur de texte, même si python-pydot n'est pas installé.

Je ne sais pas pourquoi vous voudriez installer pydot avec pip alors que vous pouvez l'obtenir depuis les dépôts Ubuntu, mais pour répondre à votre question, j'ai quand même essayé d'installer pydot dans un environnement virtuel Python avec pip3 install pydot. , il est donc possible que vous deviez mettre à jour pip avec la dernière version avec Sudo -H pip3 install --upgrade pip. J'ai utilisé pip3 au lieu de pip car vous avez écrit dans votre question que vous utilisiez Python 3.5.

32
karel

De cette réponse sur "Installer les paquets pydot et graphviz dans l'environnement Anaconda"

J'ai eu le même problème et résolu par (ordre est important ):

  1. Installation de graphviz, simplement via Sudo apt-get install graphviz
  2. Installation de graphviz pour Python via conda Sudo ~/anaconda2/bin/conda install graphviz
  3. Enfin, en installant pydot en utilisant conda Sudo ~/anaconda2/bin/conda install pydot

Cette réponse est en retard, mais ce message m'a aidé (avec celui-ci qui mentionne l'ordre d'installation), alors j'espère que cette réponse aidera quelqu'un d'autre. J'utilise Ubuntu 14.04 et Python 2.7.

P.S. apparemment, il pourrait y avoir des problèmes avec l’étape 1 de l’algorithme ci-dessus, cet article indique comment les résoudre.

5
Emmie Jackson

Comme vous utilisez python 3, la bonne commande serait pip3 install pydot graphviz. Vous pouvez installer pip3 à l’aide de Sudo apt install python3-pip.

3
Casper Gerritsen

Sur Ubuntu 17.10, le ff a corrigé le problème:

Sudo apt-get install python3-pydot graphviz
Sudo pip3 install pydot_ng
0
rowel