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Impossible d'installer le paquet geojson pour R

J'ai Ubuntu 16.04 et R 3.4.3. Quand je cours

install.packages("geojson", dep=TRUE)

dans R, j'obtiens l'erreur suivante:

la dépendance ‘protolite’ n’est pas disponible pour le package ‘geojson’

Donc je cours

install.packages("protolite", dep=TRUE)

à quoi je reçois:

Configuration failed because protobuf was not found. Try installing:
 * deb: libprotobuf-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: protobuf-devel (Fedora, EPEL)
 * csw: protobuf_dev (Solaris)
 * brew: protobuf (OSX)
If protobuf is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a protobuf.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

Cependant, en exécutant protoc --version dans le terminal, je reçois

libprotoc 2.6.1

Donc, il semble que j'ai la dernière version installée. J'ai aussi essayé de copier protobuf.pc dans /usr/lib/pkconfig/ et de régler PKG_CONFIG_PATH avec

export PKG_CONFIG_PATH=/usr/lib/pkgconfig

sans succès. Je ne sais pas comment vérifier si pkg-config est dans mon PATH, ni comment suivre les instructions de ce dernier. En particulier, je ne sais pas quels répertoires je devrais écrire pour INCLUDE_DIR=... et LIB_DIR=....

Comment dois-je procéder?

16.04package-managementpathsrpkg-config
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Nicu Righeriu

Je viens de découvrir que mon /usr/bin/pkg-config (version 0.29.1 fournie avec Ubuntu 18.04) est ultra-buggy. Il ne s'intéresse pas aux répertoires mentionnés dans PKG_CONFIG_PATH (les répertoires personnalisés n'étaient pas visibles dans le débogage). Je devais construire une version plus récente (0.29.2) à partir des sources. Cela a résolu mon problème.

J'espère que ça aide quelqu'un

1
Kaushik Sv

Vous pouvez installer vos packages R avec les actions suivantes

#1. add R 3.4.3 repository if not added before
cat <<EOF | Sudo tee /etc/apt/sources.list.d/r-cran.list
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/
EOF

Sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

#2. add repository for libjq-dev
Sudo add-apt-repository -y ppa:opencpu/jq

#3. update package lists
Sudo apt-get update

#4. install R and dependencies
Sudo apt-get install r-base-dev r-base-core libjq-dev libcurl4-openssl-dev \
libssl-dev libprotobuf-dev libjq-dev libv8-3.14-dev protobuf-compiler

#5. launch R and install geojson package:
R
> install.packages("geojson", dep=TRUE)
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N0rbert