Autorisation refusée lors de l'installation du package R
J'ai installé R (version 3.6.0) sur mon ubuntu 18.04 que j'exécute sur le sous-système Windows WSL.
Maintenant, j'ai un problème pour installer certains packages spécifiques. Par exemple xml2. Lorsque j'exécute la commande install.packages("xml2"), j'obtiens l'erreur suivante:
mv: cannot move '/usr/local/lib/R/site-library/00LOCK-xml2/00new/xml2' to '/usr/local/lib/R/site-library/xml2': Permission denied
ERROR: moving to final location failed
Je suppose qu'il pourrait y avoir un moyen de me donner la permission complète de gérer mes propres affaires, quelqu'un sait-il comment contourner ce problème?
Cette solution suggérée sur stackoverflow.com a fonctionné pour moi.
La meilleure façon d'éviter cela est d'utiliser l'argument '--no-lock' sur la ligne de commande, par exemple,
R CMD INSTALL --no-lock <pkg>
Sur les systèmes de fichiers NFS, il n'est parfois pas évident de savoir ce que vous devez fermer. Depuis R, vous pouvez le faire depuis votre commande en utilisant:
install.packages("Rcpp", dependencies=TRUE, INSTALL_opts = c('--no-lock'))
Désinstallez R version 3.6.0 et supprimez le R PPA s'il y en a un de vos sources logicielles dans /etc/apt/sources.list en précédant la ligne contenant ce PPA d'un # pour le transformer en commentaire. Exécutez ensuite Sudo apt update pour actualiser votre liste de logiciels disponibles. Maintenant que vous avez supprimé les packages R qui ne fonctionnent pas, vous êtes prêt à installer r-base et r-cran-xml2 à partir des référentiels Ubuntu 18.04 par défaut.
Pour installer le package xml2 R dans Ubuntu 18.04, ouvrez le terminal et tapez:
Sudo apt install r-base r-cran-xml2
Ce GNU R package d'analyseur XML fonctionne avec des fichiers XML à l'aide d'une interface simple et cohérente. Il est construit au-dessus de la bibliothèque C "libxml2".