Impossible d'installer la base R; dépendances non satisfaites sur Ubuntu 18.04
J'essaie d'installer R sur une machine Ubuntu 18.04 et je rencontre un problème de "dépendances non satisfaites". Cependant, je ne peux pas déterminer où je peux aller ni ce que je dois corriger sur mon système pour surmonter cela. Toute aide serait grandement appréciée.
J'utilise Ubuntu 18.04.2 LTS (avec 16 Go RAM et disque dur 500 Go), en utilisant uniquement les référentiels standard bionic; le seul PPA que j'ai ajouté est celui pour libreoffice Pour voir ce qui s'y trouve, la sortie vers Sudo apt update est
Ign:1 http://dl.google.com/linux/chrome-remote-desktop/deb stable InRelease
Ign:2 http://dl.google.com/linux/chrome/deb stable InRelease
Hit:3 http://dl.google.com/linux/chrome-remote-desktop/deb stable Release
Hit:4 http://dl.google.com/linux/chrome/deb stable Release
Get:7 https://desktop-download.mendeley.com/download/apt stable InRelease [2,456 B]
Get:8 https://typora.io/linux ./ InRelease [758 B]
Hit:9 http://repository.spotify.com stable InRelease
Hit:10 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease
Hit:11 http://ppa.launchpad.net/libreoffice/ppa/ubuntu bionic InRelease
Hit:12 http://sg.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic InRelease
Hit:13 http://sg.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-backports InRelease
Get:14 http://sg.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-security InRelease [88.7 kB]
Fetched 91.9 kB in 3s (26.5 kB/s)
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
All packages are up to date.
(J'essaie de garder les choses synchronisées autant que possible et d'exécuter Sudo apt update && Sudo apt upgrade au moins une fois tous les deux jours.)
Lorsque j'essaie d'installer le premier des composants de R r-base (via Sudo apt install r-base) J'obtiens les dépendances non satisfaites suivantes:
Some packages could not be installed. This may mean that you have
requested an impossible situation or if you are using the unstable
distribution that some required packages have not yet been created
or been moved out of Incoming.
The following information may help to resolve the situation:
The following packages have unmet dependencies:
r-base : Depends: r-base-core (>= 3.4.4-1ubuntu1) but it is not going to be installed
Depends: r-recommended (= 3.4.4-1ubuntu1) but it is not going to be installed
Recommends: r-base-html but it is not going to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.
Fonctionnement software-properties-gtk, Je constate que tous les référentiels sont activés. Fonctionnement Sudo apt-get clean et Sudo apt-get autoclean se termine sans aucun message d'erreur. Quand j'exécute
$ Sudo apt-get -f install
$ Sudo dpkg --configure -a
$ Sudo apt-get -f install
la sortie est
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.
il ne semble donc pas y avoir de paquets bloqués, en conflit ou cassés sur mon système. J'ai également exécuté Sudo apt --fix-broken install, mais encore une fois, comme ci-dessus, mon système ne semble pas avoir de paquets bloqués ou bloqués.
Fonctionnement Sudo apt-get dist-upgrade montre
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
Calculating upgrade... Done
0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.
Je suis heureux d'essayer autre chose que quelqu'un pourrait suggérer pour voir si le problème persiste sur mon système.
Ensuite j'ajoute
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
à mon /etc/apt/sources.list et courir
$ Sudo apt update
$ Sudo apt install r-base
Toujours pas de joie; la sortie est maintenant (en omettant les répétitions d'en haut)
The following packages have unmet dependencies:
r-base : Depends: r-base-core (>= 3.6.0-2bionic) but it is not going to be installed
Depends: r-recommended (= 3.6.0-2bionic) but it is not going to be installed
Recommends: r-base-html but it is not going to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.
(mais au moins je suis passé de 3.4.4-1ubuntu1 à 3.6.0-2bionic.) Répéter le Sudo apt-get -f install ; Sudo dpkg --configure -a; Sudo apt-get -f install la séquence ci-dessus continue de s'afficher
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.
là encore, il ne semble pas y avoir de paquets bloqués ou en conflit autrement.
La sortie de apt-cache policy r-base est:
Installed: (none)
Candidate: 3.6.0-2bionic
Version table:
3.6.0-2bionic 500
500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages
3.6.0-1bionic 500
500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages
3.5.3-1bionic 500
500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages
3.5.2-1bionic 500
500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages
3.5.1-2bionic 500
500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages
3.5.1-1bionic 500
500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages
3.5.0-1bionic 500
500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages
3.4.4-1ubuntu1 500
500 http://sg.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic/universe AMD64 Packages
500 http://sg.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic/universe i386 Packages
Je ne sais pas, cependant, où aller creuser plus loin ou quels fichiers ajuster en fonction de cette sortie.
Y a-t-il des endroits que je dois ajouter à mon /etc/apt/sources.list pour mettre en place les dépendances sur r-base-core et r-recommended? Où dois-je aller ailleurs pour les obtenir? La page d'installation de linux
https://cran.ma.imperial.ac.uk/bin/linux/ubuntu/README.html
ne me propose rien d'autre à ajouter à mon /etc/apt/sources.list. Google renvoie un tas d'autres choses, y compris le PPA de marutter et j'ai expérimenté l'ajout de ceux-ci dans mes sources, mais rien ne m'a permis de l'installer jusqu'à la fin. [Oui, lorsque je les ai supprimés, je me suis assuré de parcourir clean et autoclean à chaque fois, comme ci-dessus.]
Pour être clair, je ne suis pas obsédé par la version la plus récente de R/je serais content de quelque chose de légèrement dépassé aussi, mais je ne vois aucun indice sur la page d'installation de linux pour R ce que je pourrais ajuster .
(Sur mes autres machines, GalliumOS 2.1 et GalliumOS 3.0, j'ai installé R et RStudio, aucun problème.)
Toute aide serait grandement appréciée.
(Ce problème a maintenant été résolu comme décrit ci-dessous; j'avais deux versions de packages légèrement incohérentes. J'ai fini par supprimer les deux et en réinstaller une seule.)
Je suis devenu convaincu, après avoir suivi la chaîne des échecs sur un certain nombre de voies, - "en descendant le terrier du lapin", comme suggéré par @ user535733 - que, d'une manière ou d'une autre, deux sources différentes semblaient s'être glissées sur mon système, chacune fournissant individuellement une cohérence ensemble complet de packages, mais à travers les deux mutuellement incompatibles. Un exemple de cela a été de trouver gcc-8-base faisant référence aux deux 8.3.0-6ubuntu1~18.04 et 8-20180414-1ubuntu2, mais il y en avait d'autres, finalement jugés trop nombreux pour être résolus un par un.
J'ai donc supprimé et restauré les référentiels par défaut, comme dans, par exemple, Comment restaurer les référentiels par défaut? en déplaçant /etc/apt/sources.list vers un endroit temporaire sûr [à jeter plus tard après que tout a fonctionné], touch- pour créer une nouvelle version vide, puis using software-properties-gtk pour fournir un nouvel ensemble de sources de logiciels Ubuntu et de mises à jour (security et updates canaux). Fermé pour que le système soit mis à jour, puis dans un terminal j'ai couru
$ Sudo apt update && Sudo apt upgrade
$ Sudo apt install r-base # Works cleanly!
(Un grand merci à tous ceux qui ont aidé, mais surtout à @ user535733)