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Conda / apt-get et problèmes d'installation de graph-tool

Je suis un peu confus au sujet des différents gestionnaires de paquets sur python/Ubuntu. J'ai récemment immigré à Ubuntu à partir de Windows, dans lequel j'ai utilisé anaconda comme gestionnaire de paquets python.

J'ai installé anaconda sur ma nouvelle configuration Ubuntu. Je veux utiliser graph-tool , j'ai donc suivi les instructions de la page Web et installé les paquets précompilés avec apt-get, qui heureusement (heureusement?) A installé toutes les dépendances.

Le paquet semble être installé sur le système Ubuntu (apt search graph-tool indique qu'il est installé) alors qu'il n'apparaît pas dans la liste des conda packages (conda list).

J'ai également essayé de télécharger ce paquet depuis anaconda.org , mais il n'a pas installé toutes les dépendances et l'installation a échoué:

$ conda install -c floriangeigl -c vgauthier -c msarahan -c bioconda -c ostrokach -c salford_systems -c ptorrestr -c pkgw -c kalefranz graph-tool
Traceback (most recent call last):
  File "/home/eli/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/conda/exceptions.py", line 479, in conda_exception_handler
    return_value = func(*args, **kwargs)
  File "/home/eli/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/conda/cli/main.py", line 145, in _main
    exit_code = args.func(args, p)
  File "/home/eli/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/conda/cli/main_install.py", line 80, in execute
    install(args, parser, 'install')
  File "/home/eli/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/conda/cli/install.py", line 420, in install
    raise CondaRuntimeError('RuntimeError: %s' % e)
CondaRuntimeError: Runtime error: RuntimeError: Runtime error: HTTPError: 404 Client Error: NOT FOUND for url: https://conda.anaconda.org/ostrokach/linux-64/libgcc-5-5.4.0-2.tar.bz2: https://conda.anaconda.org/ostrokach/linux-64/libgcc-5-5.4.0-2.tar.bz2

D'après ce que je comprends, le paquet graph-tool est installé sur Ubuntu, mais n'est pas "exposé" à conda (ai-je raison?). Comment puis-je l'exposer/l'ajouter à conda (et toutes ses dépendances)? En général, quelle est la relation entre les paquets exposés via apt-get et conda? Comment dois-je intégrer les paquets installés via apt-get in conda?

Pouvez-vous s'il vous plaît expliquer les relations entre les différents gestionnaires de paquets (dois-je utiliser anaconda?)?

aptpackage-managementpythonanaconda
2
Eli

En général, il devrait y avoir peu, voire aucune interaction entre les paquets conda-installed et apt-installed. Au moins, c’est l’intention, bien qu’il existe de nombreuses façons de vous mettre en difficulté.

Je ne suis pas familier avec l'outil graphique, à l'exception du site Web actuellement. Il a tout à fait la liste des dépendances. J'ai également cherché sur anaconda.org, et trouvé l'incantation épineuse de conda install avec tous ces canaux - celui qui vous causait des problèmes. (Un de ces canaux est le mien.)

Un conseil est d’être conscient de ce avec quoi vous êtes en train d’interagir sur PATH. L'exécution de echo $PATH vous montrera le contenu de cette variable d'environnement, et les répertoires avec leur ordre sont essentiels. Pour vous aider à comprendre ce qui est reconnu comme un exécutable, utilisez which -a. Par exemple, which -a python.

Avec toutes ces dépendances, je ne suis pas surpris que vous rencontriez des problèmes. Mon deuxième conseil est d'essayer d'utiliser un conda env. Un conda env aidera à isoler toutes vos dépendances.

Essayez la commande

conda create --name graphtool -c floriangeigl -c vgauthier -c msarahan -c bioconda -c ostrokach -c salford_systems -c ptorrestr -c pkgw -c kalefranz graph-tool

où --name graphtool crée un nouvel env nommé graphtool. Puis courir

source activate graphtool

activer l'env. À partir de là, vous devriez pouvoir exécuter (dans la même session de terminal) les commandes d’outil graphique dont vous avez besoin.

Passons maintenant à la trace de pile que vous avez obtenue lorsque vous avez essayé votre commande conda install ...

Anaconda.org et le paquet libgcc-5 sur le canal ostrokach semblent présenter un problème. La trace de la pile indique que vous avez obtenu une erreur 404 NOT FOUND pour l'URL.

https://conda.anaconda.org/ostrokach/linux-64/libgcc-5-5.4.0-2.tar.bz2

que anaconda.org a indiqué qu'il existait dans https://conda.anaconda.org/ostrokach/linux-64/repodata.json . Si cette erreur particulière persiste, signalez un problème (peut-être même en référence à ce fil) à l'adresse https://github.com/Anaconda-Platform/support/issues .

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kalefranz