Impossible d'installer R sur Ubuntu 17.10
J'ai récemment effectué une mise à niveau vers astucieuse et je ne peux plus installer r-recommended. Je continue à recevoir ce message d'erreur:
user@box:~$ Sudo apt install r-recommended
[Sudo] password for user:
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
Some packages could not be installed. This may mean that you have
requested an impossible situation or if you are using the unstable
distribution that some required packages have not yet been created
or been moved out of Incoming.
The following information may help to resolve the situation:
The following packages have unmet dependencies:
r-recommended : Depends: r-cran-boot (>= 1.2.19) but it is not going to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.
user@box:~$
Néanmoins, https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/artful/ est déjà disponible.
Edit: Comme demandé par @muru dans les commentaires, la sortie de Sudo apt-get update plus la sortie de Sudo apt-get upgrade étaient
user@box:~$ Sudo apt update
Hit:1 http://download.virtualbox.org/virtualbox/debian zesty InRelease
Ign:2 http://dl.google.com/linux/chrome/deb stable InRelease
Ign:3 https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu artful/ InRelease
Hit:4 http://dl.google.com/linux/chrome/deb stable Release
Hit:5 https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu artful/ Release
Hit:8 http://archive.ubuntu.com/ubuntu artful InRelease
Hit:9 http://archive.canonical.com/ubuntu artful InRelease
Hit:10 http://archive.ubuntu.com/ubuntu artful-updates InRelease
Hit:11 http://archive.ubuntu.com/ubuntu artful-backports InRelease
Hit:12 http://archive.ubuntu.com/ubuntu artful-security InRelease
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
All packages are up to date.
user@box:~$ Sudo apt upgrade
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
Calculating upgrade... Done
0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.
user@box:~$
Il semble y avoir une dépendance cassée pour r-cran-boot. Plus précisément, cela dépend de r-api-3, qui n'existe plus, après avoir été remplacé par r-api-3.4.
Sudo aptitude full-upgrade
The following packages will be upgraded:
r-cran-boot{b}
1 packages upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.
Need to get 618 kB of archives. After unpacking 0 B will be used.
The following packages have unmet dependencies:
r-cran-boot : Depends: r-api-3 which is a virtual package and is not provided by any available package
The following actions will resolve these dependencies:
Keep the following packages at their current version:
1) r-cran-boot [1.3-20-1build1 (artful, now)]
Accept this solution? [Y/n/q/?]
Je vais essayer de soumettre un rapport de bogue actuellement.
Mise à jour: le mainteneur du paquet semble avoir résolu le problème. Je suis capable de mettre à jour sans obtenir une erreur de dépendance.
En effet, comme Paul Stodghill l’a indiqué dans sa réponse, l’installation avec aptitude fera l'affaire, à condition que vous sachiez qu'elle proposera d'abord de ne rien installer - une proposition inutile qu'il vous faudra refuser - car, pour le moment, elle proposera installer quand même r-cran-boot avec la dépendance non satisfaite sur r-api-3.4, comme indiqué dans cette sortie:
user@box:~$ Sudo aptitude install r-recommended
The following NEW packages will be installed:
cdbs{a} dh-translations{a} intltool{a} libblas-dev{a} liblapack-dev{a} libncurses5-dev{a} libreadline-dev{a} libtinfo-dev{a} python-pkg-resources{a} python-scour{a}
python-six{a} r-base-core{a} r-base-dev{a} r-cran-boot{ab} r-cran-class{a} r-cran-cluster{a} r-cran-codetools{a} r-cran-foreign{a} r-cran-kernsmooth{a}
r-cran-lattice{a} r-cran-mass{a} r-cran-matrix{a} r-cran-mgcv{a} r-cran-nlme{a} r-cran-nnet{a} r-cran-rpart{a} r-cran-spatial{a} r-cran-survival{a} r-doc-html{a}
r-recommended
0 packages upgraded, 30 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.
Need to get 43.5 MB of archives. After unpacking 78.9 MB will be used.
The following packages have unmet dependencies:
r-cran-boot : Depends: r-api-3 which is a virtual package, provided by:
- r-base-core (3.4.2-2zesty), but 3.4.2-2artful4 is to be installed
The following actions will resolve these dependencies:
Keep the following packages at their current version:
1) r-cran-boot [Not Installed]
2) r-recommended [Not Installed]
Leave the following dependencies unresolved:
3) r-base-core recommends r-recommended
Accept this solution? [Y/n/q/?] n
The following actions will resolve these dependencies:
Install the following packages:
1) r-cran-boot [1.3-20-1build1 (artful)]
Accept this solution? [Y/n/q/?] y
The following NEW packages will be installed:
cdbs{a} dh-translations{a} intltool{a} libblas-dev{a} liblapack-dev{a} libncurses5-dev{a} libreadline-dev{a} libtinfo-dev{a} python-pkg-resources{a} python-scour{a}
python-six{a} r-base-core{a} r-base-dev{a} r-cran-boot{a} r-cran-class{a} r-cran-cluster{a} r-cran-codetools{a} r-cran-foreign{a} r-cran-kernsmooth{a}
r-cran-lattice{a} r-cran-mass{a} r-cran-matrix{a} r-cran-mgcv{a} r-cran-nlme{a} r-cran-nnet{a} r-cran-rpart{a} r-cran-spatial{a} r-cran-survival{a} r-doc-html{a}
r-recommended
0 packages upgraded, 30 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.
Need to get 43.5 MB of archives. After unpacking 78.9 MB will be used.
Do you want to continue? [Y/n/?] y
Get: 1 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu artful/ r-base-core 3.4.2-2artful4 [23.2 MB]
Get: 2 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu artful/ r-base-dev 3.4.2-2artful4 [4414 B]
(...)
Setting up r-cran-rpart (4.1-11-1build1) ...
Setting up r-recommended (3.4.2-2artful4) ...
Current status: 1 (+1) upgradable.
user@box:~$
Pour les utilisateurs qui rencontrent cette erreur dans un paramètre différent.
J'ai eu cela sur 18.04 après la mise à niveau de 16.04.
J'ai eu un autre miroir le 16.04 pour le cran. Après la mise à niveau, j'ai rencontré des problèmes de mise à niveau avec ce même type de sortie.
Une fois que j'ai supprimé la liste des sources, dans mon cas cran.mirror.ac.za, la mise à niveau ne fonctionnait toujours pas avec le résultat:
The following packages have unmet dependencies:
r-cran-boot : Depends: r-api-3.4
r-cran-class : Depends: r-api-3.4
r-cran-cluster : Depends: r-api-3.4
r-cran-codetools : Depends: r-api-3.4
r-cran-foreign : Depends: r-api-3.4
r-cran-kernsmooth : Depends: r-api-3.4
r-cran-lattice : Depends: r-api-3.4
r-cran-mass : Depends: r-api-3.4
r-cran-matrix : Depends: r-api-3.4
r-cran-mgcv : Depends: r-api-3.4
r-cran-nlme : Depends: r-api-3.4
r-cran-nnet : Depends: r-api-3.4
r-cran-rpart : Depends: r-api-3.4
r-cran-spatial : Depends: r-api-3.4
r-cran-survival : Depends: r-api-3.4
Je devais apt-get remove r-base-core, apt-get clean et ensuite je pouvais installer r-recommended sans problème.
Je pense que le problème était que le paquet dépendu du r-base-core était installé à partir de l'autre dépôt, et n'était pas automatiquement mis à niveau avec celui d'Ubuntu.
C’est peut-être la situation du PO ou peut présenter la même chose dans tous les cas. J’ai donc pensé que cela pourrait être une réponse utile.