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Quel est le moyen préféré pour installer les paquets R dans Ubuntu?

J'installe dans R in Ubuntu, mais je suis un peu confus avec les nombreuses options disponibles pour installer des packages.

La méthode traditionnelle consiste à les installer, à l'intérieur de R, en effectuant install.package(). Ubuntu offre toutefois la possibilité d’installer avec apt-get. Ceci est intéressant car le système d’exploitation tiendra les paquets à jour. Comme ils ne disposent que de quelques paquets disponibles, cela créera des problèmes tôt ou tard. Je finirai par installer les paquets de manière traditionnelle, en les installant de différentes manières, et peut-être (?) Cela créera-t-il également des problèmes de version.

Quel est le moyen préféré pour installer et conserver les paquets R dans Ubuntu?

aptpackage-managementr
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user565663

Je pense que les seuls packages R disponibles via les dépôts Ubuntu sont ceux gérés par l’équipe de développement R. Comme avec la plupart des packages, ceux disponibles via apt ou synaptic ne sont pas toujours les versions les plus récentes. Heureusement, vous avez la possibilité d’ajouter une source logicielle gérée par CRAN en créant un nouveau fichier à /etc/apt/sources.list.d/CRAN.list contenant une seule ligne de texte:

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

(remplacez trusty/ par le nom de code de votre distribution; si vous ne le connaissez pas, saisissez lsb_release -c dans un terminal). Après cela (et un apt update), votre gestionnaire de paquets installera (ou mettra à jour) les versions de r-base, r-base-core, etc. gérées par CRAN, car ils auront des numéros de version plus élevés que ceux des sources Debian. Voir ici si apt se plaint du non-respect du référentiel.

Pour tous les autres packages ("packages contribués" AKA), je préfère installer autant que possible dans R via install.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package")), sauf si je sais que la version sur CRAN est ancienne et qu'une version plus récente possède les fonctionnalités dont j'ai besoin. Dans ce cas, vous pouvez installer GitHub avec devtools::install_github('AccountName/RepositoryName') ou télécharger une archive et l'installer à partir d'une fenêtre de terminal via R CMD INSTALL name_of_package.tar.gz, ou dans R via install.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source").

Pour être complet, voici les conseils officiels du CRAN .

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drammock

J'installerais habituellement en utilisant apt-get r-cran autant que possible, car cela gère les dépendances et les mises à jour d'une manière plus propre. Seulement si ce n'est pas disponible, j'utiliserai installer depuis R.

Notez qu'il existe deux référentiels pour les paquets R Debian:

  1. R officiel: fournit quelques paquets. Pour l'inclure, vous devez ajouter le lien au référentiel mettre à jour votre fichier source.list . Ceci est documenté sur le page CRAN-ubunt , puis exécutez apt-get update, puis mettez à niveau

  2. PPA: Michael rutter fournit un ppa , cran2deb4ubunt , qui contient beaucoup plus de paquets. Pour de la documentation, voir la fin de ce blog . Il vous suffit d’exécuter (puis après mise à jour/mise à niveau):

     Sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u
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Matifou

Veuillez noter que pour R 3.5.0, le nom du référentiel a changé et que les bibliothèques Task Views précompilées par Michael Rutter sont désormais disponibles à partir de cran2deb4ubuntu_3.5

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user837998