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Comment coller des colonnes de fichiers séparés en utilisant bash?

En utilisant les données suivantes:

$cat date1.csv
 Bob,2013-06-03T17:18:07
 James,2013-06-03T17:18:07
 Kevin,2013-06-03T17:18:07

$cat date2.csv
 2012-12-02T18:30:31
 2012-12-02T18:28:37
 2013-06-01T12:16:05

Comment fusionner les fichiers date1.csv et date2.csv? Sortie souhaitée:

$cat merge-date1-date2.csv
 Bob,2013-06-03T17:18:07,2012-12-02T18:30:31
 James,2013-06-03T17:18:07,2012-12-02T18:28:37
 Kevin,2013-06-03T17:18:07,2013-06-01T12:16:05

Attention: la meilleure solution sera capable de gérer rapidement un nombre important de lignes.

bashpastemultiple-columns
37
blehman

Vous étiez sur la bonne voie avec paste(1) :

$ paste -d , date1.csv date2.csv 
Bob,2013-06-03T17:18:07,2012-12-02T18:30:31
James,2013-06-03T17:18:07,2012-12-02T18:28:37
Kevin,2013-06-03T17:18:07,2013-06-01T12:16:05

Il n'est pas clair d'après votre question s'il y a des espaces de tête sur ces lignes. Si vous voulez vous en débarrasser dans la sortie finale, vous pouvez utiliser cut(1) pour le couper avant de coller:

 $ cut -c 2- date2.csv | paste -d , date1.csv -
  Bob,2013-06-03T17:18:07,2012-12-02T18:30:31
  James,2013-06-03T17:18:07,2012-12-02T18:28:37
  Kevin,2013-06-03T17:18:07,2013-06-01T12:16:05
45
Carl Norum

Une autre façon de le faire est avec pr

pr -mts, file1 file2

Tester:

[jaypal:~/Temp] cat file1
Bob,2013-06-03T17:18:07
James,2013-06-03T17:18:07
Kevin,2013-06-03T17:18:07

[jaypal:~/Temp] cat file2
2012-12-02T18:30:31
2012-12-02T18:28:37
2013-06-01T12:16:05

[jaypal:~/Temp] pr -mts, file1 file2
Bob,2013-06-03T17:18:07,2012-12-02T18:30:31
James,2013-06-03T17:18:07,2012-12-02T18:28:37
Kevin,2013-06-03T17:18:07,2013-06-01T12:16:05
12
jaypal singh

Je voulais étendre la solution de jaypal car j'ai rencontré un besoin d'éditer des fichiers avant de fusionner les colonnes.

$cat date1.csv
 Bob,2013-06-03T17:18:07
 James,2013-06-03T17:18:07
 Kevin,2013-06-03T17:18:07

$cat date2.csv
 2012-12-02T18:30:31
 2012-12-02T18:28:37
 2013-06-01T12:16:05

La fusion de la colonne 1 de date1.csv avec la colonne 1 de date2.csv peut être effectuée comme suit:

$pr -mts, <(cut -d, -f1 date1.csv) date2.csv
 Bob,2012-12-02T18:30:31
 James,2012-12-02T18:28:37
 Kevin,2013-06-01T12:16:05

Vous pouvez appliquer d'autres modifications avec un tuyau si vous le souhaitez:

$pr -mts, <(cut -d, -f1 date1.csv | sort) date2.csv

Quoi qu'il en soit, cela a été pratique pour moi et je voulais juste transmettre les connaissances. J'espère que cela aide quelqu'un.

3
blehman

Si vous souhaitez simplement coller des colonnes spécifiques de différents fichiers côte à côte, vous pouvez utiliser une combinaison de coller et couper.

Par exemple, si vous avez trois fichiers avec les mêmes lignes, ne différant que dans certaines colonnes que vous souhaitez regrouper:

$ head file1.csv
chr1H   1   240 RLC 2   138 239 0.5774059
chr1H   641 1787    RLC 12  1135    1146    0.9904014
chr1H   2009    3436    RLC 15  1413    1427    0.9901892
chr1H   4935    6106    RLG 12  1060    1171    0.9052092
chr1H   11523   11997   RLG 4   371 474 0.7827004
chr1H   11998   12882   RLX 9   776 884 0.8778281
chr1H   20340   21529   RLC 13  1177    1189    0.9899075
chr1H   27889   36240   RLC 82  8118    8351    0.9720991
chr1H   36241   39978   RLC 36  3542    3737    0.9478191
chr1H   40384   41273   RLX 10  880 889 0.9898763

$ head file2.csv
chr1H   1   240 RLC 1   39  239 0.1631799
chr1H   641 1787    RLC 11  1049    1146    0.9153578
chr1H   2009    3436    RLC 6   594 1427    0.4162579
chr1H   4935    6106    RLG 11  995 1171    0.8497011
chr1H   11523   11997   RLG 3   275 474 0.5801688
chr1H   11998   12882   RLX 4   378 884 0.4276018
chr1H   20340   21529   RLC 11  979 1189    0.8233810
chr1H   27889   36240   RLC 74  7238    8351    0.8667225
chr1H   36241   39978   RLC 31  3047    3737    0.8153599
chr1H   40384   41273   RLX 10  880 889 0.9898763

$ head file3.csv
chr1H   1   240 RLC 2   138 239 0.5774059
chr1H   641 1787    RLC 12  1135    1146    0.9904014
chr1H   2009    3436    RLC 15  1413    1427    0.9901892
chr1H   4935    6106    RLG 12  1060    1171    0.9052092
chr1H   11523   11997   RLG 4   371 474 0.7827004
chr1H   11998   12882   RLX 9   776 884 0.8778281
chr1H   20340   21529   RLC 13  1177    1189    0.9899075
chr1H   27889   36240   RLC 82  8118    8351    0.9720991
chr1H   36241   39978   RLC 36  3542    3737    0.9478191
chr1H   40384   41273   RLX 10  880 889 0.9898763

Les premiers pour les colonnes des fichiers sont identiques. Nous voulons les conserver, mais collez également la 8e colonne de chaque fichier côte à côte:

$ paste file1.csv file2.csv file3.csv | cut -f 1,2,3,4,8,16,24 | head

résulte en:

chr1H   1   240 RLC 0.5774059   0.1631799   0.0000000
chr1H   641 1787    RLC 0.9904014   0.9153578   0.6448517
chr1H   2009    3436    RLC 0.9901892   0.4162579   0.2081289
chr1H   4935    6106    RLG 0.9052092   0.8497011   0.1690862
chr1H   11523   11997   RLG 0.7827004   0.5801688   0.0000000
chr1H   11998   12882   RLX 0.8778281   0.4276018   0.1119910
chr1H   20340   21529   RLC 0.9899075   0.8233810   0.1068124
chr1H   27889   36240   RLC 0.9720991   0.8667225   0.4043827
chr1H   36241   39978   RLC 0.9478191   0.8153599   0.3914905
chr1H   40384   41273   RLX 0.9898763   0.9898763   0.3217098

Cela ne nécessite presque pas de mémoire et est probablement aussi rapide que possible.

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David Ries