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R: Erreur dans dyn.load (fichier, DLLpath = DLLpath, ...)

Je travaille depuis quelque temps déjà sur un projet R sur l'ordinateur de bureau de mon bureau, mais je dois emporter les scripts avec moi lors de mes voyages. J'ai tout copié dans mon ordinateur portable et apporté quelques modifications au code. Hélas, lors de la tentative de compilation (en suivant exactement la même procédure que celle que j’utilisais sur mon ordinateur de bureau), l’erreur suivante:

$ R CMD INSTALL --no-multiarch --with-keep.source coala
* installing to library ‘/home/my_pc/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3’
* installing *source* package ‘coala’ ...
** libs
make: Nothing to be done for `all'.
installing to /home/my_pc/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/coala/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
unable to load shared object '/home/my_pc/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/coala/libs/coala.so':
/home/my_pc/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/coala/libs/coala.so: undefined symbol: _ZSt24__throw_out_of_range_fmtPKcz
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/home/my_pc/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/coala’
* restoring previous ‘/home/my_pc/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/coala’

Les deux ordinateurs ont la même version Ubuntu, mais différente. De plus, je dois mentionner que je travaille dans deux bibliothèques en même temps et que la bibliothèque qui les accompagne se met à jour sans problèmes, ce qui rend ce message d'erreur plus déconcertant. J'ai vérifié les réponses pouvant être liées à cette question, mais je ne vois pas comment appliquer leurs solutions:

R: erreur lors de l'installation des packages UBUNTU - Erreur dans dyn.load (fichier, DLLpath = DLLpath, ...): impossible de charger un objet partagéLe message n'a pas pu charger l'objet partagé stats.so quand R commence

Y a-t-il un moyen de résoudre ce problème? Quelle peut être la cause? Qu'est-ce que le symbole non défini _ZSt24__throw_out_of_range_fmtPKcz?

c++rubuntug++
7
j91

Qu'est-ce que .libPaths() vous donne comme sortie?

J'ai rencontré le même problème en utilisant la dernière mise à jour aujourd'hui ( R 3.3.1 pour MacOS X ). Mon installation de R a semblé se bloquer après la mise à jour. Ma solution consistait simplement à supprimer les répertoires lib du système de fichiers et à réinstaller R:

rm -rf /Users/johann/Library/R/3.3/library
Sudo rm -rf Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library

J'espère que cela t'aides...

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Johann Horvat

J'ai eu un problème similaire avec rgdal sur Ubuntu. Réinstaller le paquet était suffisant pour le faire fonctionner à nouveau.

$ Sudo R
> install.packages("rgdal")
> quit()
$ exit
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Luís de Sousa

Le problème est le lien avec votre st ++ g ++. Différentes versions d'Ubuntu ont différentes versions de g ++ stdlib. Vous ne pouvez pas toujours copier les fichiers binaires de l’un à l’autre.

Vous pouvez résoudre ce problème en recompilant R pour l'ordinateur portable ou en utilisant les packages Ubuntu R. par exemple. http://packages.ubuntu.com/xenial/r-base

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John Vandenberg