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Thread 1: EXC_BAD_ACCESS (code = 1, address = 0x0) problème de mémoire C standard

J'écris du code pour comparer deux fichiers d'entrée en C standard, en utilisant l'IDE Xcode. Je reçois toujours cette erreur: Thread 1: EXC_BAD_ACCESS (code = 1, address = 0x0). J'ai fait quelques lectures à ce sujet et je pense que c'est un problème de mémoire, mais peu importe ce que j'essaie, je n'arrive pas à le résoudre (j'ai également essayé de créer des structures de manière dynamique à l'aide de malloc et je l'ai répertorié au bas de le code). C'est étrange car il écrit toutes les données, puis recrache cette erreur à la fin. Le format de fichier est quelque chose comme ceci: start (int) .. stop (int) id (+ ou -) maintenant des trucs dont je ne me soucie pas pour le reste de la ligne Je viens de tester cela sur un fichier avec seul + id est donc l'aspect "-" ne fait pas partie du problème. Quoi qu'il en soit, je suis assez fatigué et je le regarde depuis quelques heures, alors pardonnez-moi si cela n'a pas de sens, je le mettrai à jour après quelques heures de sommeil.

typedef struct
{
  int start;
  int stop;
  char *strandID;
} location;

int main(int argc, const char * argv[])
{
  if (argc != 4)
  {
    fprintf(stderr,
        "Usage is ./a.out windowfile.txt genefile.txt outputFileName");
    exit(-1);
  }

  //const vars
  const char *windowInput = argv[1];
  const char *geneInput = argv[2];
  const char *outputfile = argv[3];

  const int windowHeader = 9;
  const int geneHeader = 3;

  //get size of structures -- I have debugged and these work correctly, returning the size of my structure
  const int posWsize = getSize(windowInput, "+", windowHeader);
  const int negWsize = getSize(windowInput, "-", windowHeader);
  const int posGsize = getSize(geneInput, "+", geneHeader);
  const int negGsize = getSize(geneInput, "-", geneHeader);

  //declare structs
  location posWindow[posWsize];
  location negWindow[negWsize];
  location posGene[posGsize];
  location negGene[negGsize];

  //extract data here
  getLocations(posWindow, negWindow, windowInput, windowHeader);
  return 0;
}

void getLocations(location *posL, location *negL, const char *input,
    const int header)
{
  FILE *fileptr = NULL;
  fileptr = fopen(input, "r"); //open file

  if (fileptr == NULL)
  { //check for errors while opening
    fprintf(stderr, "Error reading %s\n", input);
    exit(-1);
  }

  char tmpLoc[20];
  char tmpID[2];
  int eofVar = 0;
  int lineCount = 0;

  while (lineCount < header)
  { //skip header and get to data
    eofVar = fgetc(fileptr);
    if (eofVar == '\n')
      lineCount++;
  }

  int pCount = 0;
  int nCount = 0;

  while (eofVar != EOF)
  {
    fscanf(fileptr, "%s %s", tmpLoc, tmpID); //scan in first two strings
    if (!strcmp(tmpID, "+"))
    { //if + strand
      char *locTok = NULL;
      locTok = strtok(tmpLoc, ".."); //tok and get values
      posL[pCount].start = atoi(locTok);
      locTok = strtok(NULL, "..");
      posL[pCount].stop = atoi(locTok); //ERROR IS SHOWN HERE

      posL[pCount].strandID = tmpID;
      printf("start=%d\tstop=%d\tID=%s\tindex=%d\n", posL[pCount].start,
          posL[pCount].stop, posL[pCount].strandID, pCount);
      pCount++;
    }
    else if (!strcmp(tmpID, "-"))
    { //if - strand
      char *locTok = NULL;
      locTok = strtok(tmpLoc, ".."); //tok and get values
      negL[nCount].start = atoi(locTok);
      locTok = strtok(NULL, "..");
      negL[nCount].stop = atoi(locTok);

      negL[nCount].strandID = tmpID;
      nCount++;
    }

    while ((eofVar = fgetc(fileptr)) != '\n')
    {
      if (eofVar == EOF)
        break;
    }
  }

  fclose(fileptr);
}

//dynamic way...same issue -- just replace this with the above if statement and use the create location function
if (!strcmp(tmpID, "+"))
{ //if + strand
  int locStart;
  int locStop;

  locStart = atoi(strtok(tmpLoc, ".."));//tok and get values
  locStop = atoi(strtok(NULL, ".."));

  posL[pCount] = *createlocation(locStart, locStop, tmpID);

  pCount++;
}

location *createlocation(int start, int stop, char *strandID)
{
  location *tmp = NULL;
  tmp = (location *) malloc(sizeof(location) * 1);

  tmp->start = start;
  tmp->stop = stop;
  tmp->strandID = (char *) malloc(sizeof(char) * 2);
  strcpy(tmp->strandID, strandID);

  return tmp;
}
cxcodememory-management
9
zeus_masta_funk

Vérifiez la valeur de retour de strtok.

Dans votre code ici

locTok = strtok(NULL, "..");
posL[pCount].stop = atoi(locTok); //ERROR IS SHOWN HERE

strtok renvoie un pointeur NULL et selon documentation ,

Un pointeur nul est renvoyé s'il ne reste aucun jeton à récupérer.

ce qui correspond à ma supposition d'origine parce que le code d'adresse est 0x0 il y a une déférence de pointeur NULL quelque part.

De toute évidence, l'appel suivant à atoi attend un pointeur non NULL et se bloque.

4
tangrs