J'ai deux fichiers fichier A et fichier B
Le fichier A contient toutes les informations, tandis que le fichier B contient des identifiants d’information uniques. Ce que je veux faire est de comparer les fichiers et grep les informations ids du fichier A
fichier A:
acb:A1S_1863 ncbi-proteinid:ABO12290
acb:A1S_1864 ncbi-proteinid:ABO12291
acb:A1S_1865 ncbi-proteinid:ABO12292
acb:A1S_0105 ncbi-proteinid:ABO10592
acb:A1S_0106 ncbi-proteinid:ABO10593
fichier B:
A1S_1865
A1S_1774
A1S_1116
A1S_0106
A1S_2677
sortie souhaitée:
acb:A1S_1865 ncbi-proteinid:ABO12292
acb:A1S_0106 ncbi-proteinid:ABO10593
Avec grep:
grep -Ff fileB fileA
-f <filename>
indique à grep
de lire les modèles à partir d'un fichier, et -F
lui permet de traiter les modèles comme des chaînes fixes au lieu d'expressions régulières. (Cela suppose que les identifiants n'apparaissent pas dans l'autre colonne.)