J'ai trouvé la réponse sur la manière de supprimer un tweet que vous avez posté mais pas comment supprimer un retweet dans la version Web de Tweetdeck.
Utilisez l'élément "Annuler Retweet" tout en bas du menu contextuel qui s'affiche lorsque vous cliquez sur les trois points en bas à droite d'un Tweet:
(Peut-être contre-intuitivement, cliquer sur le bouton vert "retweeté" n'offre pas une option pour annuler le retweet).
Cliquez sur les trois points, puis cliquez sur Supprimer.