J'essaie d'installer les bibliothèques de compression HDF5 avec la suite Intel Compilers (Intel Parallel Studio XE 2018.2.046).
Avec la même suite, j'ai compilé à la fois szip et zlib et je suis en train de configurer HDF avec la commande:
./configure --prefix=/home/modelstation/Software/Intel_Compiled/hdf5 --enable-fortran --enable-cxx --with-szip=/home/modelstation/Software/Intel_Compiled/szip --with-zlib=/home/modelstation/Software/Intel_Compiled/zlib
La configuration s'arrête avec l'erreur:
vérification de la taille de size_t ... configure: error: dans `/home/modelstation/Downloads/hdf5-1.10.2 ': configure: erreur: impossible de calculer sizeof (size_t)
Après cette solution sur le forum des développeurs Intel, il semble qu'il devrait être possible de contourner cette erreur (qui est apparemment due à un conflit entre les scripts de configuration HDF5 et la nouvelle version brillante d'Ubuntu) en rétrogradant la GNU suite de compilateur utilisée dans les autotools avec les commandes:
Sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-6 60 --slave /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-6 --slave /usr/bin/gfortran gfortran /usr/bin/gfortran-6
Mais cette commande génère l'erreur suivante:
update-alternatives: erreur: le chemin alternatif/usr/bin/gcc-6 n'existe pas
Je pensais que l'erreur était que je devais installer une version antérieure des paquetages avant de mettre à jour les alternatives, alors j'ai essayé:
Sudo apt-get install gcc-4.6
Mais le résultat est:
Le paquetage gcc-4.6 n'est pas disponible, mais est désigné par un autre paquetage. Cela peut signifier que le package est manquant, obsolète ou disponible uniquement à partir d'une autre source. Toutefois, les packages suivants le remplacent: cpp-4.8 cpp-4.8: i386 E: Le package 'gcc-4.6' ne dispose d'aucun candidat pour l'installation
Donc, est-il possible sous Ubuntu 18.04 de rétrograder gcc g ++ et gfortran à la version 4.6 ou non?
Si la réponse est "non", je devrai tout formater et installer Ubuntu 16.04, dans lequel aucun de ces problèmes n'existerait.
Merci
update-alternatives
vous donne la possibilité de passer d'une version à une autre de gcc. Rétrograder le système gcc n’est presque jamais nécessaire, et est généralement nuisible.
L'erreur /usr/bin/gcc-6 doesn't exist
de update-alternatives
suggère que gcc-6
n'est pas installé. Il vous suffit donc d'installer les packages suivants (qui se trouvent dans le référentiel 18.04 par défaut, bionic/universe
):
Sudo apt-get install gcc-6 g++-6 g++-6-multilib gfortran-6
Ensuite, répétez l’étape Sudo update-alternatives --install
pour chaque version de gcc que vous souhaitez utiliser.
Lorsque vous souhaitez redéfinir gcc
pour qu'il pointe vers la version par défaut fournie avec Bionic, 7.3, exécutez simplement Sudo update-alternatives --config gcc
, ce qui vous permettra de choisir parmi les versions gcc disponibles avec les alternatives installées.
En outre, vous pouvez toujours exécuter directement une version spécifique de gcc, en spécifiant le suffixe de version (gcc-6
, gcc-7
, etc.).