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Pourquoi rJava ne fonctionne-t-il pas sur Ubuntu 14.04 avec OpenJDK 7?

Bonjour, j'ai des problèmes avec le paquetage rJava de cran.

J'ai installé

Sudo apt-get install openjdk-7-jdk
Sudo apt-get install r-cran-rjava

et a couru

Sudo R CMD javareconf
# Java interpreter : /usr/bin/Java
# Java version     : 1.7.0_55
# Java home path   : /usr/lib/jvm/Java-7-openjdk-AMD64/jre
# Java compiler    : /usr/bin/javac
# Java headers gen.: /usr/bin/javah
# Java archive tool: /usr/bin/jar

J'essaie ensuite d'exécuter R et de charger rJava et d'obtenir l'erreur suivante:

R
> library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/usr/lib/R/site-library/rJava/libs/rJava.so':
  libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

Je suis sur Ubuntu 14.04 64 bits et j'utilise R version 3.1.0 (2014-04-10) - "Spring Dance"

UPDATE: En réalité, ceci n'est pas spécifique à OpenJDK, je viens d'essayer Oracle Java 8 et j'ai obtenu le même résultat. J'ai également trouvé cette solution de contournement ici que je suis réticent à utiliser car il s'agit en fait d'une solution de contournement qui n'explique pas vraiment pourquoi elle est nécessaire. Le système de colis aurait dû gérer cela à mon avis. On dirait que libjvm.so est le problème et je le trouve ici

/usr/lib/jvm/Java-7-openjdk-AMD64/jre/lib/AMD64/jamvm/libjvm.so
/usr/lib/jvm/Java-7-openjdk-AMD64/jre/lib/AMD64/server/libjvm.so
/usr/lib/jvm/Java-7-Oracle/jre/lib/AMD64/server/libjvm.so

et pour une raison quelconque, rJava ne parvient pas à les trouver malgré la mise à jour avec Sudo R CMD javareconf.

UPDATE 2: L'intrigue s'épaissit: Si je lance R comme Sudo ça marche.

Merci pour les pointeurs.

javaropenjdkrjavaubuntu-14.04
16
Dr. Mike

J'ai eu le même problème avec une configuration similaire (R 3.1.0, Ubuntu 12.10, 32 bits). J'ai trouvé que la réponse était d'obtenir LD_LIBRARY_PATH correctement défini, comme décrit ici: erreur: impossible de charger les packages installés pour le moment sauf que le sous-répertoire en question est "client" et non "serveur". Alors maintenant, je configure mon environnement comme ceci:

export Java_HOME=/usr/lib/jvm/Java-7-openjdk-i386
export LD_LIBRARY_PATH=$Java_HOME/jre/lib/i386:$Java_HOME/jre/lib/i386/client
7
persistentNoob

vous pouvez résoudre ce problème en ouvrant rstudio en super utilisateur comme

Sudo rstudio

puis à l'intérieur de la course R

install.packages('rJava')
8
sagarambat

J'ai pu résoudre ce problème en utilisant cette réponse: https://stackoverflow.com/a/25932828/3939832

Ceci est utile si vous avez installé Oracle Java 7 ou 8. L'exportation de variables dans mon cas n'était pas une solution permanente. Vous devriez vérifier ce que R utilise comme environnement en faisant:

Sys.getenv("Java_HOME")

vous pouvez ensuite utiliser cet environnement en créant un fichier Java.conf, on /etc/ld.so.conf.d/, comme indiqué dans le lien de réponse ci-dessus.

7
lapisdecor

si vous utilisez Oracle Java, utilisez la commande suivante:

Sudo R CMD javareconf 

ne va pas aider à utiliser: 

Sudo R CMD javareconf **Java_HOME**=(path where Java home is located)
5
sourav karwa

J'ai essayé beaucoup de choses mais je n'ai pas travaillé. Puis j'ai essayé d'utiliser 

Sudo rstudio

et alors

install.packages('rJava')

Ça marche. Coool

1
Ajay Jadhav

L'installation du package rJava sur Ubuntu n'est pas aussi simple que la plupart des autres packages R. Quelques notes rapides sur la façon de le faire (Source: https://www.r-bloggers.com/installing-rjava-on-ubuntu/ ).

Install the Java Runtime Environment (JRE).

Sudo apt-get install -y default-jre

Install the Java Development Kit (JDK).

Sudo apt-get install -y default-jdk

Update where R expects to find various Java files.

Sudo R CMD javareconf

Install the package.

> install.packages("rJava")

If you have a RStudio session open, then exit and restart it. This is important (a running RStudio session will not pick up these changes!).
0
Jyoti