Cela semble être un problème qui ne s'est manifesté que dans les dernières versions, peut-être 14.04+.
Win/Super fonctionne comme vous le souhaitez sur l'ordinateur lui-même. Via TeamViewer cependant Win/Super est plutôt mappé sur Alt.
J'ai vérifié _Send Key Combinations
_ dans TeamViewer et toutes les autres combinaisons semblent fonctionner comme prévu Ctrl + Alt par exemple.
Je crois que mon cas particulier est le résultat d'un script Autohotkey en cours d'exécution. Parti maintenant.