Par exemple, cette ligne échoue:
$ Nohup for i in mydir/*.fasta; do ./myscript.sh "$i"; done > output.txt&
-bash: syntax error near unexpected token `do
Quelle est la bonne façon de le faire?
Parce que 'nohup' s'attend à une commande à un mot et à ses arguments - pas une construction de boucle de coquille. Vous devrez utiliser:
Nohup sh -c 'for i in mydir/*.fasta; do ./myscript.sh "$i"; done >output.txt' &
Vous pouvez le faire sur une ligne, mais vous voudrez peut-être le faire demain aussi.
$ cat loopy.sh
#!/bin/sh
# a line of text describing what this task does
for i in mydir/*.fast ; do
./myscript.sh "$i"
done > output.txt
$ chmod +x loopy.sh
$ Nohup loopy.sh &
Pour moi, la solution de Jonathan ne redirige pas correctement à la sortie.txt. Celui-ci fonctionne mieux:
Nohup bash -c 'for i in mydir/*.fasta; do ./myscript.sh "$i"; done' > output.txt &