Il y a une entrée invalide laissée par l'éditeur Atom (les auteurs n'ont pas réussi à fournir un désiste). Les entrées ne peuvent pas être supprimées avec menulibre
- elles ne sont pas listées, mais les entrées fantômes restent dans les menus.
Rechercher des fichiers .desktop adaptés et les supprimer peut aider.
Dans ce cas, la suppression de /usr/local/share/applications/Atom.desktop a résolu le problème.
Solution trouvée sur http://forum.lxde.org/viewtopic.php?p=48112&sid=51e194b86f5901892036da51a76a55db#p48112