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ne peut pas configurer ou faire installer samtools 0.1.19

J'ai besoin d'installer une certaine version de samtools (0.1.19) (disponible sur https://sourceforge.net/projects/samtools/ ).

./configure renvoie "aucun fichier de ce type ..." make fonctionne correctement (d'après ce que je peux dire) Sudo make install return "make: *** Aucune règle pour que la cible" installe ". Arrête."

Différentes versions fonctionnent bien. Je suis complètement perdu, le readme ne fournit aucune aide et je ne suis pas assez averti pour détecter un problème dans le fichier makefile. Toute aide serait grandement appréciée après des heures de tentatives infructueuses ...

makeconfigure
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ubuntuquestions

En réalité, vous n'avez pas besoin de compiler cette application par vous-même.

Il est emballé dans toutes les versions actuellement prises en charge dans univers pocket.
Vous pouvez ajouter cette poche avec (si ce n’est pas activé) la commande:

Sudo add-apt-repository universe

et ensuite vous pouvez simplement l'installer avec:

Sudo apt-get install samtools

Si vous voulez vraiment compiler samtools, vous n'avez pas besoin d'exécuter le script ./configure (car il n'existe pas), utilisez simplement make:

cd ~/Downloads
wget https://vorboss.dl.sourceforge.net/project/samtools/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2
tar -xf samtools-0.1.19.tar.bz2
cd samtools-0.1.19
make

et vous obtiendrez:

$ ./samtools 

Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)
Version: 0.1.19-44428cd

Usage:   samtools <command> [options]

Command: view        SAM<->BAM conversion
         sort        sort alignment file
         mpileup     multi-way pileup
         depth       compute the depth
         faidx       index/extract FASTA
         tview       text alignment viewer
         index       index alignment
         idxstats    BAM index stats (r595 or later)
         fixmate     fix mate information
         flagstat    simple stats
         calmd       recalculate MD/NM tags and '=' bases
         merge       merge sorted alignments
         rmdup       remove PCR duplicates
         reheader    replace BAM header
         cat         concatenate BAMs
         bedcov      read depth per BED region
         targetcut   cut fosmid regions (for fosmid pool only)
         phase       phase heterozygotes
         bamshuf     shuffle and group alignments by name
0
N0rbert