Comme indiqué ici
il est correct d'avoir deux partitions pour les fichiers système Linux et une autre pour les fichiers personnels sur le même disque, mais elles doivent être toutes deux du même système de fichiers.
À présent, sur l’une de mes machines, je suis sous Ubuntu Gnome 16.04 LTS, partitionné de la manière suivante:
Et je ne rencontre pas de problèmes du tout. En fait, il semble fonctionner plus en douceur qu'un schéma de partitionnement "complet" ext4. Alors, quel est le problème? Quelqu'un peut-il bien vouloir faire la lumière sur cela pour moi? Je vous remercie.
Je pense que @AndroidDev a raison, il s’agit simplement d’autorisations de fichiers unix qui ne peuvent pas être enregistrées dans FAT {12,16,32}, ou exFAT et à peine dans NTFS. L'auteur avait clairement l'exemple type d'un utilisateur Windows basculant vers Ubuntu, voir la dernière section de la page wiki. Btw, voir cette question pour une discussion sur la qualité de votre wiki lié.
tl; dr : Le mélange de systèmes de fichiers dans votre installation ne devrait poser aucun problème, à condition qu'ils conviennent tous à Linux, i. e. prendre en charge les autorisations du système de fichiers ainsi que les liens symboliques. En général, cela signifie que tous les systèmes de fichiers sont corrects, sauf FAT et NTFS.