Pour certains plugins, j'essaie de n'activer que pour les sous-sites. Disons que le plugin est "Contact Form 7" et que je n'ai besoin de l'activer que sur les sous-sites.
Si activé sur Admin Réseau, il sera également activé sur le site principal.
J'ai rencontré de nombreuses références, mais il s'agit d'un vieil article (il y a 5 ans) qui explique seulement comment créer un plugin compatible multisite et non un plugin uniquement.
En fait, la plupart des plugins fonctionnent exactement comme vous le souhaitez:
Vous DEVEZ les télécharger (c'est-à-dire les installer) sur le panneau d'administration réseau, mais vous pouvez les laisser désactivés.
Ensuite, vous accédez à une page de plug-in de sous-site individuel et activez uniquement ce sous-site.