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Avertissement Crypton Numpy concernant NPY_NO_DEPRECATED_API lors de l'utilisation de MemoryView

Je suis en train de convertir un memoryview Cython en un tableau numpy (pour pouvoir l'utiliser dans du code Python pur):

from libc.stdlib cimport realloc
cimport numpy as np

DTYPE = np.float64
ctypedef np.float64_t DTYPE_t

cpdef np.ndarray[DTYPE_t] compute(DTYPE_t[:,::1] data):
    cdef unsigned int Nchannels = data.shape[0]
    cdef unsigned int Ndata = data.shape[1]
    cdef DTYPE_t* output = NULL
    cdef DTYPE_t[::1] mv

    output = <DTYPE_t*>realloc(output, Ndata*sizeof(output))
    if not output:
        raise MemoryError()
    mv = <DTYPE_t[:Ndata]>output
    mv[10:Ndata-10] = 0.0
    # various calculations...
    return np.asarray(mv, dtype=DTYPE, order='C')

Il compile, mais le compilateur donne l'avertissement suivant:

/Users/vlad/anaconda/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include
/nump/npy_1_7_deprecated_api.h:15:2: warning:
"Using deprecated NumPy API, disable it by #defining NPY_NO_DEPRECATED_API NPY_1_7_API_VERSION" [-W#warnings]

J'ai ajouté la directive suggérée dans setup.py:

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy

filename = 'agents3.pyx'

agents_module = Extension(
    'Agents',
    sources = [filename],
    define_macros = [('NPY_NO_DEPRECATED_API', 'NPY_1_7_API_VERSION')],
    include_dirs = [numpy.get_include()],
)

setup (name = 'Agents',
    ext_modules = cythonize(agents_module)
)

Maintenant, il ne compilerait pas, il dit:

Vlads-MacBook-Pro:program vlad$ python setup.py build_ext --inplace
Compiling agents3.pyx because it changed.
Cythonizing agents3.pyx
running build_ext
building 'Agents' extension
gcc -fno-strict-aliasing -I/Users/vlad/anaconda/include -Arch x86_64 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -DNPY_NO_DEPRECATED_API=NPY_1_7_API_VERSION -I/Users/vlad/anaconda/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I/Users/vlad/anaconda/include/python2.7 -c agents3.c -o build/temp.macosx-10.5-x86_64-2.7/agents3.o
agents3.c:2273:52: error: use of undeclared identifier 'NPY_C_CONTIGUOUS'
    __pyx_t_2 = ((!(PyArray_CHKFLAGS(__pyx_v_self, NPY_C_CONTIGUOUS) != 0)) != 0);
                                                   ^
agents3.c:2311:52: error: use of undeclared identifier 'NPY_F_CONTIGUOUS'
    __pyx_t_1 = ((!(PyArray_CHKFLAGS(__pyx_v_self, NPY_F_CONTIGUOUS) != 0)) != 0);
                                                   ^
agents3.c:2474:42: error: no member named 'descr' in 'struct tagPyArrayObject'
  __pyx_t_4 = ((PyObject *)__pyx_v_self->descr);
                           ~~~~~~~~~~~~  ^
agents3.c:4026:27: error: no member named 'base' in 'struct tagPyArrayObject'
  Py_XDECREF(__pyx_v_arr->base);
             ~~~~~~~~~~~  ^
/Users/vlad/anaconda/include/python2.7/object.h:823:34: note: expanded from macro 'Py_XDECREF'
#define Py_XDECREF(op) do { if ((op) == NULL) ; else Py_DECREF(op); } while (0)
                                 ^
agents3.c:4026:27: error: no member named 'base' in 'struct tagPyArrayObject'
  Py_XDECREF(__pyx_v_arr->base);
             ~~~~~~~~~~~  ^
/Users/vlad/anaconda/include/python2.7/object.h:823:64: note: expanded from macro 'Py_XDECREF'
#define Py_XDECREF(op) do { if ((op) == NULL) ; else Py_DECREF(op); } while (0)
                                                               ^
/Users/vlad/anaconda/include/python2.7/object.h:772:24: note: expanded from macro 'Py_DECREF'
        --((PyObject*)(op))->ob_refcnt != 0)            \
                       ^
agents3.c:4026:27: error: no member named 'base' in 'struct tagPyArrayObject'
  Py_XDECREF(__pyx_v_arr->base);
             ~~~~~~~~~~~  ^
/Users/vlad/anaconda/include/python2.7/object.h:823:64: note: expanded from macro 'Py_XDECREF'
#define Py_XDECREF(op) do { if ((op) == NULL) ; else Py_DECREF(op); } while (0)
                                                               ^
/Users/vlad/anaconda/include/python2.7/object.h:775:34: note: expanded from macro 'Py_DECREF'
        _Py_Dealloc((PyObject *)(op));                  \
                                 ^
/Users/vlad/anaconda/include/python2.7/object.h:762:15: note: expanded from macro '_Py_Dealloc'
    (*Py_TYPE(op)->tp_dealloc)((PyObject *)(op)))
              ^
/Users/vlad/anaconda/include/python2.7/object.h:115:47: note: expanded from macro 'Py_TYPE'
#define Py_TYPE(ob)             (((PyObject*)(ob))->ob_type)
                                              ^
agents3.c:4026:27: error: no member named 'base' in 'struct tagPyArrayObject'
  Py_XDECREF(__pyx_v_arr->base);
             ~~~~~~~~~~~  ^
/Users/vlad/anaconda/include/python2.7/object.h:823:64: note: expanded from macro 'Py_XDECREF'
#define Py_XDECREF(op) do { if ((op) == NULL) ; else Py_DECREF(op); } while (0)
                                                               ^
/Users/vlad/anaconda/include/python2.7/object.h:775:34: note: expanded from macro 'Py_DECREF'
        _Py_Dealloc((PyObject *)(op));                  \
                                 ^
/Users/vlad/anaconda/include/python2.7/object.h:762:45: note: expanded from macro '_Py_Dealloc'
    (*Py_TYPE(op)->tp_dealloc)((PyObject *)(op)))
                                            ^
agents3.c:4035:16: error: no member named 'base' in 'struct tagPyArrayObject'
  __pyx_v_arr->base = __pyx_v_baseptr;
  ~~~~~~~~~~~  ^
agents3.c:4070:30: error: no member named 'base' in 'struct tagPyArrayObject'
  __pyx_t_1 = ((__pyx_v_arr->base == NULL) != 0);
                ~~~~~~~~~~~  ^
agents3.c:4093:44: error: no member named 'base' in 'struct tagPyArrayObject'
    __Pyx_INCREF(((PyObject *)__pyx_v_arr->base));
                              ~~~~~~~~~~~  ^
agents3.c:1065:37: note: expanded from macro '__Pyx_INCREF'
  #define __Pyx_INCREF(r) Py_INCREF(r)
                                    ^
/Users/vlad/anaconda/include/python2.7/object.h:767:18: note: expanded from macro 'Py_INCREF'
    ((PyObject*)(op))->ob_refcnt++)
                 ^
agents3.c:4094:41: error: no member named 'base' in 'struct tagPyArrayObject'
    __pyx_r = ((PyObject *)__pyx_v_arr->base);
                           ~~~~~~~~~~~  ^
11 errors generated.
error: command 'gcc' failed with exit status 1
Vlads-MacBook-Pro:program vlad$

Que devrais-je faire? Est-il possible de laisser l'appel API obsolète en l'état? Il essaie d'accéder au champ base - mais je ne le fais pas, c'est la faute de Cython. J'ai simplement converti une memoryview en un tableau numpy. Y a-t-il une autre façon, plus propre/plus sûre de le faire?

pythonnumpycythonmemoryview
31
Amenhotep

Pour une référence ultérieure, cython online docs indique que cela est dû au fait que Cython utilise une API Numpy obsolète et qu’il s’agit pour le moment d’un avertissement que nous pouvons ignorer.

36
Jianxun Li

En supposant que l’on souhaite masquer l’avertissement de dépréciation, le drapeau suivant du compilateur peut être implémenté avec clang: extra_compile_args = ['- Wno- # warnings'].

Pour gcc, extra_compile_args = ['- Wno-cpp'] obtient le même résultat.

Bien entendu, cela masque également d'autres avertissements de directive du préprocesseur.

0
Thomas Riley

Je reçois aussi les mêmes avertissements, et je dirais que c'est normal.

Avec numpy C API, vous devez mettre une ligne devant le script C si vous n'aimez pas cet avertissement, mais tout ce qu'il fait est d'indiquer au compilateur d'ignorer le message "obsolète" - il semble fonctionner de la même manière .

Je suppose que le compilateur Cython ne met pas cette ligne de code quand il génère le code C, et je ne pense pas que ce soit important.

0
Marlon