conda - Comment installer les paquets R qui ne sont pas disponibles dans "R-essentials"?
J'utilise une installation prête à l'emploi d'Anaconda pour travailler avec Python. J'ai maintenant lu qu'il est possible "d'inclure" le monde R dans cette installation et d'utiliser le noyau IR dans/ Jupyter/Ipython notebook .
J'ai trouvé la commande pour installer un certain nombre de packages R célèbres: Conda install -c r r-essentials
La question de mon débutant:
Comment installer les packages R qui ne sont pas inclus dans le package R-essential ? Par exemple, les packages R disponibles sur CRAN. "pip" ne fonctionne que pour les paquets PyPI Python, n'est-ce pas?
Maintenant j'ai trouvé la documentation:
C’est la documentation qui explique comment générer des packages R uniquement disponibles dans le référentiel CRAN: https://www.continuum.io/content/conda-data-science
Allez à la section "Construire un paquet conda R".
(Conseil: tant que le paquet R est disponible sous anaconda.org, utilisez cette ressource. Voir ici: https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r )
La réponse de alistaire est une autre possibilité d'ajouter des packages R:
Si vous installez des paquets à partir de l'intérieur de R via le install.packages normal (des miroirs CRAN) ou le devtools::install_github (de GitHub), ils fonctionnent bien. @alistaire
Comment faire ceci: Ouvrez votre installation R (indépendante), puis exécutez la commande suivante:
install.packages("png", "/home/user/anaconda3/lib/R/library")
pour ajouter un nouveau package à la bibliothèque R utilisée par Jupyter, sinon il sera installé dans /home/user/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.2/png/libs mentionné dans .libPaths ( ).
Pour installer d'autres packages R sur Jupyter au-delà de R-essentials
install.packages('readr', repos='http://cran.us.r-project.org')
Un problème est que le référentiel spécifique est le US.R-Project (comme ci-dessous). J'ai essayé d'autres et ça n'a pas fonctionné.
N.B. Remplacez readr par le nom du package que vous souhaitez installer.
J'ai trouvé une solution de contournement facile. Je suppose que vous avez un RStudio IDE pour vous R. C'est bizarre d’utiliser RStudio pour cela, mais j’ai essayé directement de R dans mon terminal et cela n’a pas fonctionné. Donc, dans la console RStudio, faites simplement l’ajout habituel du chemin d’accès à votre répertoire anaconda (sous OSX, '/ Users/votre nom d’utilisateur ici/anaconda/lib/R/library')
Donc, par exemple,
install.packages('package','/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library')
J'ai honte de poster une réponse aussi peu sophistiquée, mais c'est la seule qui a fonctionné pour moi.
Voici une réponse conda-centrique. Il s’appuie sur la réponse de Frank et le site Web du continuum: https://www.continuum.io/content/conda-data-science avec un peu plus de détails.
Certains paquets non disponibles dans r-essentials sont toujours disponibles sur conda channel, dans ce cas, c'est simple:
conda config --add channels r
conda install r-readxl
Si vous devez créer un paquet et l'installer à l'aide de conda:
conda skeleton cran r-xgboost
conda build r-xgboost
conda install --use-local r-xgboost
cette dernière ligne est absente du site Web du continuum car ils supposent qu'elle est d'abord publiée dans le référentiel anaconda. Sans cela, rien ne sera placé dans le répertoire envs/et le paquet ne sera pas accessible à la ligne de commande R ou à Jupyter.
Sur un mac, j'ai trouvé important d'installer le compilateur Clang pour les versions de paquet:
conda install clangxx_oxs-64
Installez rpy2 avec conda et ajoutez la ligne suivante dans votre notebook Jupyter.
%load_ext rpy2.ipython
Dans les morceaux suivants, vous pouvez simplement exécuter n’importe quel code r en spécifiant% R
Voici ma méthode préférée pour installer et/ou charger le paquet r
%R if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
%R pacman::p_load(dplyr, data.table, package3, package4)
l'argument p_load va installer + charger le paquet s'il ne se trouve pas dans votre bibliothèque sinon, il le chargera simplement
Quelqu'un a suggéré un moyen moins élégant, mais qu'est-ce qui est élégant tant que ça marche?.
install.packages ('paquet', '/ Utilisateurs/votre nom d'utilisateur ici/anaconda/lib/R/bibliothèque')
J'ai passé presque toute une matinée à chercher une réponse à ce problème. J'ai pu installer les bibliothèques sur RStudio mais pas sur Jupyter Notebook (elles ont des versions différentes de R). La solution ci-dessus a "presque" fonctionné. J'ai trouvé que Jupyter Notebook essayait de s'installer dans un autre répertoire. signaler quel répertoire. Alors j'ai seulement changé ça et ça a marché comme un charme ... grâce à Dninhos
En l'ajoutant ici pour que d'autres débutants travaillent déjà avec les blocs-notes Jupyter avec Python et souhaitent l'utiliser avec R: des packages supplémentaires disponibles pour Anaconda peuvent être installés via un terminal à l'aide de la même commande que celle utilisée pour installer les packages essentiels.
Installer r-essentials
conda install -c r r-essentials
Installer microbenchmark (infrastructure permettant de mesurer et de comparer avec précision le temps d'exécution des expressions R)
conda install -c r r-microbenchmark