Créer un environnement conda: "Conflits trouvés!" lors de la résolution de l'environnement et de la recherche du chemin de conflit le plus court pour toujours
On m'a fourni un environment.ubuntu.yml fichier pour pouvoir créer un environnement conda. Cependant, l'exécution de conda create env --file environment.ubuntu.yml J'obtiens la sortie suivante:
conda env create --file environment.ubuntu.yml
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: -
Found conflicts! Looking for incompatible packages.
This can take several minutes. Press CTRL-C to abort.
Examining fontconfig: 5%|▉ | 10/202 [00:00<00:00, 5393.91it/ ]
Comparing specs that have this dependency: 0%| | 0/12 [00:00<?, ?it/s]
Finding shortest confli| path for fontconfig==2.13.1=he4413a7_1000: 12%|▏| 1/8
Finding shortest conflict path for fontconfig==2.13.1=he4413a7_1000: 25%|▎| 2/8
Finding shortest conflict pa/ for fontconfig[version='>=2.13.0,<3.0a0']: 25%|
Finding shortest conflict path for fontconfig[version='>=2.13.0,<3.0a0']: 38%|
Finding shortest conf- ct path for fontconfig[version='>=2.11.1']: 38%|▍| 3/8 [
Finding shortest conflict path for fontconfig[version='>=2.11.1']: 50%|▌| 4/8 [
Finding shortest conflict pa| for fontconfig[version='>=2.12.4,<3.0a0']: 50%|
...
Le Finding shortest conflict path dure longtemps - apparemment, il essaie de résoudre certains problèmes de dépendance. Fonctionnant pendant 2 heures, il n'est pas clair s'il s'arrêtera jamais.
Ma question est la suivante: que se passe-t-il ici et puis-je accélérer le processus manuellement, par exemple en supprimant les dépendances inutiles? Comme je n'ai pas créé l'environnement, je ne sais pas lesquels sont réellement nécessaires.
La raison pour laquelle je suis curieux est qu'il vérifie les chemins de conflit comme fontconfig[version='>=2.12.6,<3.0a0'] lorsque celui dans dependencies est 2.13.1 et je l'ai installé via 2.13.1
Veuillez trouver ci-dessous le fichier .yml pour référence.
name: cea
channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
- dlr-sc
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- conda-forge
- conda-forge/label/gcc7
- defaults
dependencies:
- attrs=19.1.0=py_0
- backports=1.0=py_2
- backports.functools_lru_cache=1.5=py_1
- backports_abc=0.5=py_1
- boost-cpp=1.68.0=h11c811c_1000
- bzip2=1.0.6=h14c3975_1002
- ca-certificates=2019.3.9=hecc5488_0
- cairo=1.14.12=h80bd089_1005
- certifi=2019.3.9=py27_0
- click=7.0=py_0
- click-plugins=1.0.4=py_0
- cligj=0.5.0=py_0
- curl=7.64.1=hf8cf82a_0
- cycler=0.10.0=py_1
- descartes=1.1.0=py_2
- enum34=1.1.6=py27_1001
- expat=2.2.5=hf484d3e_1002
- fiona=1.8.6=py27hf242f0b_2
- fontconfig=2.13.1=he4413a7_1000
- freetype=2.10.0=he983fc9_0
- freexl=1.0.5=h14c3975_1002
- functools32=3.2.3.2=py_3
- futures=3.2.0=py27_1000
- gdal=2.4.1=py27h5f563d9_8
- geopandas=0.4.1=py_1
- geos=3.7.1=hf484d3e_1000
- geotiff=1.4.3=h1105359_1000
- gettext=0.19.8.1=hc5be6a0_1002
- giflib=5.1.7=h516909a_1
- glib=2.56.2=had28632_1001
- hdf4=4.2.13=h9a582f1_1002
- hdf5=1.10.4=nompi_h3c11f04_1106
- icu=58.2=hf484d3e_1000
- jpeg=9c=h14c3975_1001
- json-c=0.13.1=h14c3975_1001
- kealib=1.4.10=h1978553_1003
- kiwisolver=1.0.1=py27h6bb024c_1002
- krb5=1.16.3=h05b26f9_1001
- libblas=3.8.0=4_openblas
- libcblas=3.8.0=4_openblas
- libcurl=7.64.1=hda55be3_0
- libdap4=3.19.1=hd48c02d_1000
- libedit=3.1.20170329=hf8c457e_1001
- libffi=3.2.1=he1b5a44_1006
- libgdal=2.4.1=heae24aa_8
- libiconv=1.15=h516909a_1005
- libkml=1.3.0=h328b03d_1009
- liblapack=3.8.0=4_openblas
- libnetcdf=4.6.2=hbdf4f91_1001
- libpng=1.6.36=h84994c4_1000
- libpq=11.2=h4770945_0
- libspatialindex=1.9.0=he1b5a44_0
- libspatialite=4.3.0a=hb5ec416_1026
- libssh2=1.8.2=h22169c7_2
- libtiff=4.0.10=h648cc4a_1001
- libuuid=2.32.1=h14c3975_1000
- libxcb=1.13=h14c3975_1002
- libxml2=2.9.8=h143f9aa_1005
- mapclassify=1.0.1=py27_1
- matplotlib=2.2.3=py27h8a2030e_1
- matplotlib-base=2.2.3=py27h60b886d_1
- munch=2.3.2=py_0
- ncurses=6.1=hf484d3e_1002
- numpy=1.16.2=py27h8b7e671_1
- openblas=0.3.5=h9ac9557_1001
- openjpeg=2.3.0=hf38bd82_1003
- openssl=1.1.1b=h14c3975_1
- pandas=0.24.2=py27hf484d3e_0
- pip=19.0.3=py27_0
- pixman=0.34.0=h14c3975_1003
- poppler=0.67.0=h2fc8fa2_1002
- poppler-data=0.4.9=1
- postgresql=11.2=h61314c7_0
- proj4=5.2.0=h14c3975_1001
- pthread-stubs=0.4=h14c3975_1001
- pyparsing=2.3.1=py_0
- pyproj=1.9.6=py27hc0953d3_1000
- pyqt=5.6.0=py27h13b7fb3_1008
- python=2.7.15=h721da81_1008
- python-dateutil=2.8.0=py_0
- pytz=2018.9=py_0
- readline=7.0=hf8c457e_1001
- rtree=0.8.3=py27h666c49c_1002
- scipy=1.2.1=py27h09a28d5_1
- setuptools=40.8.0=py27_0
- shapely=1.6.4=py27h2afed24_1003
- singledispatch=3.4.0.3=py27_1000
- sip=4.18.1=py27hf484d3e_1000
- six=1.12.0=py27_1000
- sqlite=3.26.0=h67949de_1001
- subprocess32=3.5.3=py27h14c3975_0
- tbb=2019.5=hc9558a2_0
- tk=8.6.9=h84994c4_1001
- tornado=5.1.1=py27h14c3975_1000
- tzcode=2018g=h14c3975_1001
- wheel=0.33.1=py27_0
- xerces-c=3.2.2=hac72e42_1001
- xorg-kbproto=1.0.7=h14c3975_1002
- xorg-libice=1.0.9=h516909a_1004
- xorg-libsm=1.2.3=h84519dc_1000
- xorg-libx11=1.6.7=h14c3975_1000
- xorg-libxau=1.0.9=h14c3975_0
- xorg-libxdmcp=1.1.3=h516909a_0
- xorg-libxext=1.3.4=h516909a_0
- xorg-libxrender=0.9.10=h516909a_1002
- xorg-renderproto=0.11.1=h14c3975_1002
- xorg-xextproto=7.3.0=h14c3975_1002
- xorg-xproto=7.0.31=h14c3975_1007
- xz=5.2.4=h14c3975_1001
- zlib=1.2.11=h14c3975_1004
- freeimageplus=3.18.0=hf484d3e_2
- gl2ps=1.3.8=h14c3975_4
- oce=0.17.2=h6bb024c_10
- pythonocc-core=0.17=py27_1
- mkl=2017.0.3=0
- mkl-service=1.1.2=py27_3
- dbus=1.13.2=h714fa37_1
- gst-plugins-base=1.14.0=hbbd80ab_1
- gstreamer=1.14.0=hb453b48_1
- libgcc-ng=8.2.0=hdf63c60_1
- libgfortran-ng=7.3.0=hdf63c60_0
- libstdcxx-ng=8.2.0=hdf63c60_1
- pcre=8.43=he6710b0_0
- qt=5.6.3=h8bf5577_3
- pip:
- alabaster==0.7.12
- babel==2.6.0
- backports.shutil-get-terminal-size==1.0.0
- bleach==3.1.0
- chardet==3.0.4
- cloudpickle==0.8.1
- configparser==3.7.4
- cvxopt==1.2.3
- decorator==4.4.0
- defusedxml==0.5.0
- docutils==0.14
- doit==0.29.0
- entrypoints==0.3
- ephem==3.7.6.0
- funcsigs==1.0.2
- h5py==2.9.0
- idna==2.8
- imagesize==1.1.0
- importlib-resources==1.0.2
- ipaddress==1.0.22
- ipykernel==4.10.0
- ipython==5.8.0
- ipython-genutils==0.2.0
- ipywidgets==7.4.2
- jinja2==2.10
- joblib==0.12.5
- jsonschema==3.0.1
- jupyter==1.0.0
- jupyter-client==5.2.4
- jupyter-console==5.2.0
- jupyter-core==4.4.0
- llvmlite==0.28.0
- lxml==4.3.3
- markupsafe==1.1.1
- mistune==0.8.4
- mock==2.0.0
- nbconvert==5.4.1
- nbformat==4.4.0
- networkx==2.2
- notebook==5.7.8
- numba==0.43.1
- packaging==19.0
- pandocfilters==1.4.2
- pathlib2==2.3.3
- patsy==0.5.1
- pbr==5.1.3
- pexpect==4.6.0
- pickleshare==0.7.5
- pkginfo==1.5.0.1
- plotly==3.7.1
- prometheus-client==0.6.0
- Prompt-toolkit==1.0.15
- ptyprocess==0.6.0
- py4design==0.27
- pycollada==0.6
- pygments==2.3.1
- pyinotify==0.9.6
- pymc3==3.6
- pymf==0.1.9
- pyrsistent==0.14.11
- pysal==1.14.4.post2
- pyshp==2.1.0
- pyyaml==5.1
- pyzmq==18.0.1
- qtconsole==4.4.3
- readme-renderer==24.0
- requests==2.21.0
- requests-toolbelt==0.9.1
- retrying==1.3.3
- salib==1.2
- scandir==1.10.0
- scikit-learn==0.20.3
- seaborn==0.9.0
- send2trash==1.5.0
- simplegeneric==0.8.1
- snowballstemmer==1.2.1
- sphinx==1.8.5
- sphinxcontrib-websupport==1.1.0
- terminado==0.8.2
- testpath==0.4.2
- theano==1.0.4
- timezonefinder==4.0.1
- tqdm==4.31.1
- traitlets==4.3.2
- twine==1.13.0
- typing==3.6.6
- urllib3==1.24.1
- utm==0.4.2
- wcwidth==0.1.7
- webencodings==0.5.1
- widgetsnbextension==3.4.2
- xlrd==1.2.0
- xlwt==1.3.0
- deap==1.3.0
Cette erreur et le comportement qui en résulte proviennent très probablement du bogue Anaconda qui, de temps en temps, provoque des incohérences dans l'environnement local. Au 26 janvier 2020, le bug n'était pas encore résolu.
Pour moi, le même problème se manifeste profondément sur Mac.
Dans mon cas, j'avais remplacé certaines des versions de build (le ...=he4413a7_1000 part) car ceux du fichier d'origine ont été réétiquetés comme broken le conda-forge. Cependant, même si le numéro de version n'avait pas changé pour ces dépendances, leurs sous-dépendances avaient changé, provoquant tous ces conflits. L'essentiel est de ne pas jouer avec les dépendances manuellement.
J'ai résolu le problème en conservant les spécifications de la version de construction d'origine et en ajoutant conda-forge/labels/broken à la partie channels de la .ymlfichier.
En général, la réponse à cette question est que vous devez créer votre .yml à la main à partir de rien, avec uniquement les canaux et les contraintes requis. Vous devez assouplir les contraintes de version afin qu'elles ne ressemblent qu'à 1.19 au lieu de 1.19.10
Cependant, malgré ce conseil, j'ai presque exactement votre problème en ce moment. Il a passé de nombreuses heures sur fontconfig et je l'ai laissé pendant la nuit avant d'abandonner. Ma spécification est assez simple:
channels:
- conda-forge
- usgs-astrogeology
- defaults
dependencies:
- python=3.6
- isis3
- gdal=2.3
Je vais modifier cela quand je le découvrirai.
J'ai également été confronté au même problème sur Windows 10, en utilisant pycharm avec la dernière version d'Anaconda (Python 3.7) en date du 17 février 2020. Curieusement, le fait de basculer le "utiliser le gestionnaire de paquets conda" sur la page d'interprétation du projet dans les paramètres de pycharm m'a permis de mettre à jour numpy et d'installer les paquets normalement. Essayez d'installer un package sans le gestionnaire de packages conda et avec le gestionnaire de packages conda. Bonne chance!