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Enregistrer la figure Matplotlib sous TIFF

Quelqu'un sait-il comment enregistrer une figure Matplotlib au format * .tiff? Il semble que ce format ne soit pas supporté en Python, alors que les journaux demandent assez souvent ce format.

J'ajoute du code minimal:

# -*- coding: utf-8 -*-

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

# fig setup
fig = plt.figure(figsize=(5,5), dpi=300)
ax = fig.gca(projection='3d')
ax.set_xlim([-1,1])
ax.set_ylim([-1,1])
ax.set_zlim([-1,1])
ax.axes.xaxis.set_ticklabels([])
ax.axes.yaxis.set_ticklabels([])
ax.axes.zaxis.set_ticklabels([])

# draw a surface
xx, yy = np.meshgrid(range(-1,2), range(-1,2))
zz = np.zeros(shape=(3,3))
ax.plot_surface(xx, yy, zz, color='#c8c8c8', alpha=0.3)
ax.plot_surface(xx, zz, yy, color='#b6b6ff', alpha=0.2)

# draw a point
ax.scatter([0],[0],[0], color='b', s=200)

Cela marche:

fig.savefig('3dPlot.pdf')

Mais cela ne signifie pas:

fig.savefig('3dPlot.tif')
pythonmatplotlibtiff
15
striatum

C'est bien! Merci ot Martin Evans . Cependant, pour ceux qui voudraient y arriver en Python3.x, petites corrections (puisque le module cStringIO n'est pas disponible; et je préfère utiliser BytesIO)

# -*- coding: utf-8 -*-

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

from PIL import Image
from io import BytesIO

# fig setup
fig = plt.figure(figsize=(5,5), dpi=300)
ax = fig.gca(projection='3d')
ax.set_xlim([-1,1])
ax.set_ylim([-1,1])
ax.set_zlim([-1,1])
ax.axes.xaxis.set_ticklabels([])
ax.axes.yaxis.set_ticklabels([])
ax.axes.zaxis.set_ticklabels([])

# draw a point
ax.scatter([0],[0],[0], color='b', s=200)

# save figure
# (1) save the image in memory in PNG format
png1 = BytesIO()
fig.savefig(png1, format='png')

# (2) load this image into PIL
png2 = Image.open(png1)

# (3) save as TIFF
png2.save('3dPlot.tiff')
png1.close()
7
striatum

Comme solution de contournement, rien ne vous empêcherait d'utiliser le package PIL Python PIL pour enregistrer votre image au format TIFF:

# -*- coding: utf-8 -*-

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

from PIL import Image
import io

# fig setup
fig = plt.figure(figsize=(5,5), dpi=300)
ax = fig.gca(projection='3d')
ax.set_xlim([-1,1])
ax.set_ylim([-1,1])
ax.set_zlim([-1,1])
ax.axes.xaxis.set_ticklabels([])
ax.axes.yaxis.set_ticklabels([])
ax.axes.zaxis.set_ticklabels([])

# draw a surface
xx, yy = np.meshgrid(range(-1,2), range(-1,2))
zz = np.zeros(shape=(3,3))
ax.plot_surface(xx, yy, zz, color='#c8c8c8', alpha=0.3)
ax.plot_surface(xx, zz, yy, color='#b6b6ff', alpha=0.2)

# draw a point
ax.scatter([0],[0],[0], color='b', s=200)

#fig.savefig('3dPlot.pdf')

# Save the image in memory in PNG format
png1 = io.BytesIO()
fig.savefig(png1, format="png")

# Load this image into PIL
png2 = Image.open(png1)

# Save as TIFF
png2.save("3dPlot.tiff")
png1.close()

Si Python 2.x est utilisé, utilisez cStringIO au lieu de BytesIO comme suit:

import cStringIO

# Replace the BytesIO() call with
png1 = cStringIO.StringIO()
14
Martin Evans

Matplotlib supporte tif depuis la version 1.1 mais le support est optionnel et pas évident. Tant que vous avez oreiller installé, vous pouvez enregistrer sur tif comme vous pouvez enregistrer dans n'importe quel autre format. Ainsi, votre exemple serait simplement:

# -*- coding: utf-8 -*-

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import PIL # not necessary but mustn't fail

# fig setup
fig = plt.figure(figsize=(5,5), dpi=300)
ax = fig.gca(projection='3d')
ax.set_xlim([-1,1])
ax.set_ylim([-1,1])
ax.set_zlim([-1,1])
ax.axes.xaxis.set_ticklabels([])
ax.axes.yaxis.set_ticklabels([])
ax.axes.zaxis.set_ticklabels([])

# draw a surface
xx, yy = np.meshgrid(range(-1,2), range(-1,2))
zz = np.zeros(shape=(3,3))
ax.plot_surface(xx, yy, zz, color='#c8c8c8', alpha=0.3)
ax.plot_surface(xx, zz, yy, color='#b6b6ff', alpha=0.2)

# draw a point
ax.scatter([0],[0],[0], color='b', s=200)

fig.savefig('3dPlot.tif')
2
Tim Tröndle