Fonction trop de GeoPandas ne fonctionne pas
Je veux simplement utiliser geopandas pour obtenir une union et une intersection de deux zones polygonales. Je définis:
import geopandas as gpd
from shapely.geometry import Polygon
polys1 = gpd.GeoSeries([Polygon([(0,0), (2,0), (2,2), (0,2)]),
Polygon([(2,2), (4,2), (4,4), (2,4)])])
polys2 = gpd.GeoSeries([Polygon([(1,1), (3,1), (3,3), (1,3)]),
Polygon([(3,3), (5,3), (5,5), (3,5)])])
df1 = gpd.GeoDataFrame({'geometry': polys1, 'df1':[1,2]})
df2 = gpd.GeoDataFrame({'geometry': polys2, 'df2':[1,2]})
J'essaye ce qui suit pour obtenir le union:
res_union = gpd.overlay(df1, df2, how='union')
et il échoue avec l'erreur suivante:
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'intersection'
Je suis les instructions ici .
Bien que je ne connaisse pas le système opérationnel de l'OP, je pense que j'ai trouvé comment résoudre le problème, au moins pour les systèmes GNU/Linux (je ne suis pas en mesure de tester dans d'autres systèmes).
Explication directe
Pour pouvoir utiliser la fonction overlay, vous avez besoin de plus que simplement installer geopandas, vous devez installer rtree, mais rtree est un wrapper pour la bibliothèque C libspatialindex . Donc, pour utiliser la bibliothèque rtree, vous devez installer la bibliothèque libspatialindex C.
Pour installer libspatialindex ouvrez un type d'extrémité de terminal:
Sudo apt-get update && apt-get install -y libspatialindex-dev
Remarque: en fait, vous n'avez besoin que du Sudo apt-get install libspatialindex-dev, mais il est recommandé de mettre à jour le système, et l'indicateur -y est simplement de ne pas arrêter le processus d'installation pour demander de poursuivre l'installation ou non.
Maintenant, cela devrait résoudre votre problème. Remarque: assurez-vous que rtree est installé sur votre système, vous pouvez le faire en utilisant pip3 freeze (Je suppose que vous utilisez python3).
Explication longue
J'ai fait face à la même erreur et j'ai passé beaucoup de temps à comprendre quel était le problème. La réponse à cette question libspatialindex et Rtree sur python donnez-moi une astuce sur la façon de résoudre le problème.
Considérez le code ci-dessous (l'exemple de code de l'OP) et enregistrez-le comme script.py:
import geopandas as gpd
from shapely.geometry import Polygon
polys1 = gpd.GeoSeries([Polygon([(0,0), (2,0), (2,2), (0,2)]),
Polygon([(2,2), (4,2), (4,4), (2,4)])])
polys2 = gpd.GeoSeries([Polygon([(1,1), (3,1), (3,3), (1,3)]),
Polygon([(3,3), (5,3), (5,5), (3,5)])])
df1 = gpd.GeoDataFrame({'geometry': polys1, 'df1':[1,2]})
df2 = gpd.GeoDataFrame({'geometry': polys2, 'df2':[1,2]})
res_union = gpd.overlay(df1, df2, how='union')
Considérer ce qui suit requirements.txt:
Shapely==1.6.4.post2
descartes==1.1.0
geopandas==0.4.0
matplotlib==3.0.2
Si vous essayez d'installer uniquement les bibliothèques dans le requirements.txt et courir scrip.py, et ne pas installer la bibliothèque rtree selon requirements.txt, il va afficher le message d'erreur suivant:
/usr/local/lib/python3.6/site-packages/geopandas/base.py:76: UserWarning: Cannot generate spatial index: Missing package `rtree`.
warn("Cannot generate spatial index: Missing package `rtree`.")
Traceback (most recent call last):
File "script.py", line 17, in <module>
res_union = gpd.overlay(df1, df2, how='union')
File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/geopandas/tools/overlay.py", line 371, in overlay
result = _overlay_union(df1, df2)
File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/geopandas/tools/overlay.py", line 298, in _overlay_union
dfinter = _overlay_intersection(df1, df2)
File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/geopandas/tools/overlay.py", line 212, in _overlay_intersection
sidx = bbox.apply(lambda x: list(spatial_index.intersection(x)))
File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/pandas/core/series.py", line 3194, in apply
mapped = lib.map_infer(values, f, convert=convert_dtype)
File "pandas/_libs/src/inference.pyx", line 1472, in pandas._libs.lib.map_infer
File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/geopandas/tools/overlay.py", line 212, in <lambda>
sidx = bbox.apply(lambda x: list(spatial_index.intersection(x)))
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'intersection'
La dernière ligne du message d'erreur
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'intersection'
n'est pas si utile. Mais si vous regardez la première ligne:
/usr/local/lib/python3.6/site-packages/geopandas/base.py:76: UserWarning: Cannot generate spatial index: Missing packagertree.
il se plaint de la bibliothèque rtree.
Permet donc d'installer rtree et de voir ce qui se passe. requirements.txt est maintenant mis à jour pour:
Shapely==1.6.4.post2
descartes==1.1.0
geopandas==0.4.0
matplotlib==3.0.2
rtree==0.8.3
Réexécutant le script.py J'obtiens l'erreur suivante:
Traceback (most recent call last):
File "script.py", line 3, in <module>
import geopandas as gpd
File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/geopandas/__init__.py", line 1, in <module>
from geopandas.geoseries import GeoSeries
File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/geopandas/geoseries.py", line 12, in <module>
from geopandas.base import GeoPandasBase, _series_unary_op, _CoordinateIndexer
File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/geopandas/base.py", line 14, in <module>
from rtree.core import RTreeError
File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/rtree/__init__.py", line 1, in <module>
from .index import Rtree
File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/rtree/index.py", line 5, in <module>
from . import core
File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/rtree/core.py", line 125, in <module>
raise OSError("Could not find libspatialindex_c library file")
OSError: Could not find libspatialindex_c library file
La dernière ligne se plaint de libspatialindex_c, comme expliqué dans la première partie de ma réponse, l '"Explication directe", il suffit d'exécuter le code ci-dessous pour installer libspatialindex et le script.py devrait marcher.
Sudo apt-get update && apt-get install -y libspatialindex-dev
Au moins pour moi, le problème est résolu.