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Cauchemar de R: Yosemite, R, RStudio et Homebrew

J'utilise un MacBook Pro 13 "Retina (fin 2013) avec OS X Yosemite 10.10.2. Je ne le souhaiterais pas pour mon pire ennemi. Bien peut-être.

Cauchemar dans l'ordre chronologique:

  1. Téléchargé R et RStudio à partir de sites officiels.
  2. Couru les deux applications à quelques reprises, bien.
  3. Homebrew installé. Ran "médecin de brassage" dans le terminal. Le médecin Brew a déclaré que les fichiers R étaient problématiques.
  4. RStudio a commencé à agir bizarre.
  5. Téléchargé le paquet ggplot2 R via le miroir CRAN. 5GB de données encrassaient le fichier "private/var". Supprimé quelques données là-bas.
  6. Mac a paniqué. Panique du noyau jusqu'à ce qu'un Apple Store Genius ait effacé le Mac et réinstallé OS X.

Je veux continuer à utiliser R et RStudio. Des questions:

  1. Comment puis-je m'y prendre sans faire exploser le Mac à nouveau?
  2. Comment installer R et RStudio via Homebrew?
  3. Dois-je installer XQuartz d'abord?
  4. Que se passerait-il si j'installais R et RStudio unbrewed?
  5. Quels conflits entre R, RStudio et Homebrew dois-je reconnaître?
  6. Avez-vous l'habitude d'avoir tous les Homebrew, R et RStudio installés?
  7. Comment puis-je faire vivre heureux à Homebrew, R et RStudio sans brûler la maison?

Merci!

rhomebrewrstudioosx-yosemitexquartz
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Elan

Comment puis-je m'y prendre sans faire exploser le Mac à nouveau?

N'essayez pas de supprimer votre fichier d'échange lorsque l'ordinateur est en marche! Si vous commencez à supprimer des fichiers système aléatoires, vous passerez une mauvaise journée.

Comment installer R et RStudio via Homebrew?

Vous pouvez installer R avec brew install r. Vous pouvez installer un RStudio binaire en utilisant homebrew-cask, comme brew install Caskroom/cask/rstudio.

Dois-je installer XQuartz d'abord?

Non, cela ne devrait plus être nécessaire.

Que se passerait-il si j'installais R et RStudio unbrewed?

Rien de mal; brew doctor peut signaler des résultats, mais ce ne sont pas des erreurs et vous ne devriez pas supposer qu'ils représentent des problèmes, même s'ils sont utiles aux responsables comme moi si vous demandez de l'aide pour essayer de diagnostiquer les échecs de construction ultérieurement.

Quels conflits entre R, RStudio et Homebrew dois-je reconnaître?

Il n'y a pas de conflits importants. Si vous installez les compilateurs à partir de http://r.research.att.com/libs/ , qui sont inutiles si vous utilisez un R brassé, vous aurez peut-être de la difficulté à installer des éléments comme gcc (qui fournit gfortran ) de Homebrew.

Avez-vous l'habitude d'avoir tous les Homebrew, R et RStudio installés?

Depuis août 2015, les commentaires ci-dessous ne sont plus nécessaires. les paquets sont maintenant installés dans/usr/local/lib/R/x.y/site-library et devraient survivre aux mises à niveau mineures de R.

Si vous utilisez un R brassé et que vous souhaitez que vos packages installés résistent aux mises à niveau R mineures, vous pouvez exécuter mkdir -p ~/Library/R/3.2/library puis R installera les packages sur ce chemin par défaut (en les plaçant dans votre répertoire personnel et non dans la cave).

Comment puis-je faire vivre heureux à Homebrew, R et RStudio sans brûler la maison?

Voir au dessus!

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Tim Smith

En regardant cette question, en considérant tous les commentaires et réponses utiles, concernant le téléchargement de packages R sur un Mac sur lequel R et Homebrew sont déjà installés:

Faites-le dans la console R de l'interface RStudio, en tapant simplement install.packages("name of the package")

Depuis que j'ai commencé à télécharger les packages R directement dans RStudio, je n’ai eu aucun problème. Le système est très content.

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Elan