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Comment changer les noms d'étiquettes de tique de l'axe des x, l'ordre et la couleur du boxplot en utilisant R ggplot?

J'ai un dossier contenant des fichiers csv, chacun avec deux colonnes de données, par exemple:

0,red
15.657,red
0,red
0,red
4.429,red
687.172,green
136.758,green
15.189,red
0.152,red
23.539,red
0.348,red
0.17,blue
0.171,red
0,red
61.543,green
0.624,blue
0.259,red
338.714,green
787.223,green
1.511,red
0.422,red
9.08,orange
7.358,orange
25.848,orange
29.28,orange

J'utilise le code R suivant pour générer les boîtes à moustaches:

files <- list.files(path="D:/Ubuntu/BoxPlots/test/", pattern=NULL, full.names=F, recursive=FALSE)
files.len<-length(files)
col_headings<-c("RPKM", "Lineage")

for (i in files){
  i2<-paste(i,"png", sep=".")
  boxplots<-read.csv(i, header=FALSE)
  names(boxplots)<-col_headings
  png(i2)
  bplot<-ggplot(boxplots, aes(Lineage, RPKM)) + geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + geom_point(aes(colour=factor(Lineage)))
  print(bplot)
  graphics.off()
}

Maintenant, je veux changer la couleur des boîtes à moustaches pour qu'elles correspondent à leurs étiquettes de couleur sur l'axe des x correspondantes. Je souhaite également modifier les noms des étiquettes de l'axe des x, ainsi que leur ordre. Existe-t-il un moyen de le faire en utilisant ggplot ou qplot?

rggplot2boxplot
18
user2639056

À partir de la réponse de @ shadow, voici comment vous pouvez modifier manuellement les étiquettes de l'axe des x. J'ai également apporté quelques autres changements qui aident à améliorer l'apparence du graphique et de la légende:

colorder <- c( "green", "orange", "red", "blue")
bplot<-ggplot(temp, aes(Lineage, RPKM)) + 
    geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + 
    geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) + 
    scale_color_manual(breaks=colorder, # color scale (for points)
                     limits=colorder, 
                     values=colorder,
                     labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4"),
                     name="Group") +
    scale_fill_manual(breaks=colorder,  # fill scale (for boxes)
                     limits=colorder, 
                     values=colorder,
                     labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4")
                     name="Group") +
    scale_x_discrete(limits=colorder,labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4")) +
    theme_bw()

L'ajout de l'option labels à la couche scale_x_discrete Du tracé vous permet de modifier les étiquettes des axes. L'ajout de labels à la fois scale_fill_manual Et scale_color_manual Vous permet de modifier les étiquettes de légende. L'ajout de name aux deux permet de modifier le titre de la légende. Enfin, j'ai ajouté theme_bw() au tracé pour rendre l'arrière-plan blanc et ajouter une bordure autour du tracé. J'espère que ça t'as aidé!

enter image description here

33
rmbaughman

Oui, vous pouvez le faire. Utilisation scale_color_manual, scale_fill_manual et scale_x_discrete comme suit:

# specify colors and order 
colorder <- c( "green", "orange", "red", "blue") 
bplot<-ggplot(boxplots, aes(Lineage, RPKM)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + 
  geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) + 
  scale_color_manual(breaks=colorder, # color scale (for points)
                     limits=colorder, 
                     values=colorder) +
  scale_fill_manual(breaks=colorder,  # fill scale (for boxes)
                    limits=colorder, 
                    values=colorder) +
  scale_x_discrete(limits=colorder)   # order of x-axis
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shadow