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Comment convertir une liste de liste en tibble (dataframe)

J'ai la liste de liste suivante. Il contient deux variables: la paire et les gènes. Le contenu de pair est toujours un vecteur avec deux chaînes. Et la variable genes est un vecteur qui peut contenir plus de 1 valeurs.


lol <- list(structure(list(pair = c("BoneMarrow", "Pulmonary"), genes = "PRR11"), .Names = c("pair", 
"genes")), structure(list(pair = c("BoneMarrow", "Umbilical"), 
    genes = "GNB2L1"), .Names = c("pair", "genes")), structure(list(
    pair = c("Pulmonary", "Umbilical"), genes = "ATP1B1"), .Names = c("pair", 
"genes")))


lol
#> [[1]]
#> [[1]]$pair
#> [1] "BoneMarrow" "Pulmonary" 
#> 
#> [[1]]$genes
#> [1] "PRR11"
#> 
#> 
#> [[2]]
#> [[2]]$pair
#> [1] "BoneMarrow" "Umbilical" 
#> 
#> [[2]]$genes
#> [1] "GNB2L1"
#> 
#> 
#> [[3]]
#> [[3]]$pair
#> [1] "Pulmonary" "Umbilical"
#> 
#> [[3]]$genes
#> [1] "ATP1B1"

Comment puis-je le convertir dans ce dataframe:

pair1         pair2        genes_vec
BoneMarrow    Pulmonary    PRR11
BoneMarrow    Umbilical    GNB2L1
Pulmonary     Umbilical    ATP1B1

Notez que la variable genes est un vecteur et non une chaîne unique.

Mon meilleur essai est celui qui ne donne pas ce que je veux:

> do.call(rbind, lapply(lol, data.frame, stringsAsFactors=FALSE))
        pair  genes
1 BoneMarrow  PRR11
2  Pulmonary  PRR11
3 BoneMarrow GNB2L1
4  Umbilical GNB2L1
5  Pulmonary ATP1B1
6  Umbilical ATP1B1

Mettre à jour :

Avec nouvel exemple pour afficher le contenu vectoriel de genes

lol2 <- list(structure(list(pair = c("BoneMarrow", "Pulmonary"), genes = c("GNB2L1", 
"PRR11")), .Names = c("pair", "genes")), structure(list(pair = c("BoneMarrow", 
"Umbilical"), genes = "GNB2L1"), .Names = c("pair", "genes")), 
    structure(list(pair = c("Pulmonary", "Umbilical"), genes = "ATP1B1"), .Names = c("pair", 
    "genes")))

lol2
#> [[1]]
#> [[1]]$pair
#> [1] "BoneMarrow" "Pulmonary" 
#> 
#> [[1]]$genes
#> [1] "GNB2L1" "PRR11" 
#> 
#> 
#> [[2]]
#> [[2]]$pair
#> [1] "BoneMarrow" "Umbilical" 
#> 
#> [[2]]$genes
#> [1] "GNB2L1"
#> 
#> 
#> [[3]]
#> [[3]]$pair
#> [1] "Pulmonary" "Umbilical"
#> 
#> [[3]]$genes
#> [1] "ATP1B1"

Le résultat attendu est:

pair1         pair2        genes_vec
BoneMarrow    Pulmonary    PRR11,GNB2L1
BoneMarrow    Umbilical    GNB2L1
Pulmonary     Umbilical    ATP1B1
rdplyrtidyverse
5
scamander

En utilisant tidyverse, vous pouvez utiliser purrr pour vous aider 


library(dplyr)
library(purrr)

tibble(
  pair = map(lol, "pair"),
  genes_vec = map_chr(lol, "genes")
) %>% 
  mutate(
    pair1 = map_chr(pair, 1),
    pair2 = map_chr(pair, 2) 
  ) %>%
  select(pair1, pair2, genes_vec)
#> # A tibble: 3 x 3
#>        pair1     pair2 genes_vec
#>        <chr>     <chr>     <chr>
#> 1 BoneMarrow Pulmonary     PRR11
#> 2 BoneMarrow Umbilical    GNB2L1
#> 3  Pulmonary Umbilical    ATP1B1

dans le deuxième exemple, il suffit de remplacer map_chr(lol, "genes") par map(lol2, "genes") pour conserver un cadre de données imbriqué avec une colonne de liste. 


tibble(
  pair = map(lol2, "pair"),
  genes_vec = map(lol2, "genes")
) %>% 
  mutate(
    pair1 = map_chr(pair, 1),
    pair2 = map_chr(pair, 2) 
  ) %>%
  select(pair1, pair2, genes_vec)
#> # A tibble: 3 x 3
#>        pair1     pair2 genes_vec
#>        <chr>     <chr>    <list>
#> 1 BoneMarrow Pulmonary <chr [2]>
#> 2 BoneMarrow Umbilical <chr [1]>
#> 3  Pulmonary Umbilical <chr [1]>

Et une approche plus générique consisterait à travailler avec des mots imbriqués et à les désenvoyer au besoin.

library(dplyr)
library(purrr)
library(tidyr)

tab1 <-lol %>%
  transpose() %>%
  as_tibble() %>%
  mutate(pair = map(pair, ~as_tibble(t(.x)))) %>%
  mutate(pair = map(pair, ~set_names(.x, c("pair1", "pair2"))))
tab1
#> # A tibble: 3 x 2
#>               pair     genes
#>             <list>    <list>
#> 1 <tibble [1 x 2]> <chr [1]>
#> 2 <tibble [1 x 2]> <chr [1]>
#> 3 <tibble [1 x 2]> <chr [1]>

Pour lol2 rien ne change sauf si la liste lol2 au lieu de lol1

tab2 <- lol2 %>%
  transpose() %>%
  as_tibble() %>%
  mutate(pair = map(pair, ~as_tibble(t(.x)))) %>%
  mutate(pair = map(pair, ~set_names(.x, c("pair1", "pair2"))))
tab2
#> # A tibble: 3 x 2
#>               pair     genes
#>             <list>    <list>
#> 1 <tibble [1 x 2]> <chr [2]>
#> 2 <tibble [1 x 2]> <chr [1]>
#> 3 <tibble [1 x 2]> <chr [1]>

Vous pouvez alors annuler ce que vous voulez dans la colonne

tab1 %>%
  unnest()
#> # A tibble: 3 x 3
#>    genes      pair1     pair2
#>    <chr>      <chr>     <chr>
#> 1  PRR11 BoneMarrow Pulmonary
#> 2 GNB2L1 BoneMarrow Umbilical
#> 3 ATP1B1  Pulmonary Umbilical

tab2 %>% 
  unnest(pair)
#> # A tibble: 3 x 3
#>       genes      pair1     pair2
#>      <list>      <chr>     <chr>
#> 1 <chr [2]> BoneMarrow Pulmonary
#> 2 <chr [1]> BoneMarrow Umbilical
#> 3 <chr [1]>  Pulmonary Umbilical
7
cderv

EDIT: mis à jour pour fonctionner avec le vecteur lol2.

Peut-être comme ça:

as.data.frame(do.call(rbind,lapply(lol2, function(x) {c(unlist(x[1]),gene=paste(unlist(x[2]),collapse=","))})),stringsAsFactors = F)




       pair1     pair2         genes
1 BoneMarrow Pulmonary GNB2L1, PRR11
2 BoneMarrow Umbilical        GNB2L1
3  Pulmonary Umbilical        ATP1B1
2
Florian
> lol1 <- data.frame(t(sapply(lol,c)))
> as.data.frame(t(apply(lol1, 1, unlist)))
       pair1     pair2  genes
1 BoneMarrow Pulmonary  PRR11
2 BoneMarrow Umbilical GNB2L1
3  Pulmonary Umbilical ATP1B1
1
RUser

Cela devrait fonctionner: 

data.frame(do.call(rbind,lol2))
data.frame(do.call(rbind,lol2))
                   pair         genes
1 BoneMarrow, Pulmonary GNB2L1, PRR11
2 BoneMarrow, Umbilical        GNB2L1
3  Pulmonary, Umbilical        ATP1B1

La même façon de traiter les gènes en tant que vecteur est identique à celle utilisée pour traiter les paires en tant que vecteur. Au lieu des paires 1 et 2, vous utilisez simplement les deux.

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Onyambu