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Comment écrire trycatch en R

Je veux écrire du code trycatch pour traiter des erreurs de téléchargement à partir du Web.

url <- c(
    "http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/connections.html",
    "http://en.wikipedia.org/wiki/Xz")
y <- mapply(readLines, con=url)

Ces deux instructions s'exécutent avec succès. Ci-dessous, je crée une adresse Web inexistante:

url <- c("xxxxx", "http://en.wikipedia.org/wiki/Xz")

url[1] n'existe pas. Comment écrit-on une boucle (fonction) trycatch pour que:

  1. Lorsque l'URL est incorrecte, le résultat sera le suivant: "L'URL Web est incorrecte, impossible à obtenir".
  2. Lorsque l'URL est incorrecte, le code ne s'arrête pas, mais continue à télécharger jusqu'à la fin de la liste des URL.
rexceptionexception-handlingtry-catchr-faq
285
Dd Pp

Eh bien alors: bienvenue dans le monde R ;-)

Voici

Mise en place du code

urls <- c(
    "http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/connections.html",
    "http://en.wikipedia.org/wiki/Xz",
    "xxxxx"
)
readUrl <- function(url) {
    out <- tryCatch(
        {
            # Just to highlight: if you want to use more than one 
            # R expression in the "try" part then you'll have to 
            # use curly brackets.
            # 'tryCatch()' will return the last evaluated expression 
            # in case the "try" part was completed successfully

            message("This is the 'try' part")

            readLines(con=url, warn=FALSE) 
            # The return value of `readLines()` is the actual value 
            # that will be returned in case there is no condition 
            # (e.g. warning or error). 
            # You don't need to state the return value via `return()` as code 
            # in the "try" part is not wrapped insided a function (unlike that
            # for the condition handlers for warnings and error below)
        },
        error=function(cond) {
            message(paste("URL does not seem to exist:", url))
            message("Here's the original error message:")
            message(cond)
            # Choose a return value in case of error
            return(NA)
        },
        warning=function(cond) {
            message(paste("URL caused a warning:", url))
            message("Here's the original warning message:")
            message(cond)
            # Choose a return value in case of warning
            return(NULL)
        },
        finally={
        # NOTE:
        # Here goes everything that should be executed at the end,
        # regardless of success or error.
        # If you want more than one expression to be executed, then you 
        # need to wrap them in curly brackets ({...}); otherwise you could
        # just have written 'finally=<expression>' 
            message(paste("Processed URL:", url))
            message("Some other message at the end")
        }
    )    
    return(out)
}

Appliquer le code

> y <- lapply(urls, readUrl)
Processed URL: http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/connections.html
Some other message at the end
Processed URL: http://en.wikipedia.org/wiki/Xz
Some other message at the end
URL does not seem to exist: xxxxx
Here's the original error message:
cannot open the connection
Processed URL: xxxxx
Some other message at the end
Warning message:
In file(con, "r") : cannot open file 'xxxxx': No such file or directory

Enquête sur la sortie

> head(y[[1]])
[1] "<!DOCTYPE html PUBLIC \"-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN\">"      
[2] "<html><head><title>R: Functions to Manipulate Connections</title>"      
[3] "<meta http-equiv=\"Content-Type\" content=\"text/html; charset=utf-8\">"
[4] "<link rel=\"stylesheet\" type=\"text/css\" href=\"R.css\">"             
[5] "</head><body>"                                                          
[6] ""    

> length(y)
[1] 3

> y[[3]]
[1] NA

Remarque additionnelle

tryCatch

tryCatch renvoie la valeur associée à l'exécution de expr sauf en cas d'erreur ou d'avertissement. Dans ce cas, des valeurs de retour spécifiques (voir return(NA) ci-dessus) peuvent être spécifiées en fournissant une fonction de gestionnaire respective (voir les arguments error et warning dans ?tryCatch). Celles-ci peuvent être des fonctions qui existent déjà, mais vous pouvez également les définir dans tryCatch() (comme je l’ai fait ci-dessus).

Les implications du choix de valeurs de retour spécifiques des fonctions de gestionnaire

Comme nous avons spécifié que NA devrait être renvoyé en cas d'erreur, le troisième élément de y est NA. Si nous avions choisi NULL comme valeur de retour, la longueur de y aurait simplement été 2 au lieu de 3, car lapply() "ignorera" simplement les valeurs de retour qui sont NULL. Notez également que si vous ne spécifiez pas de valeur explicite par return(), les fonctions du gestionnaire renverront NULL (c'est-à-dire en cas d'erreur ou de condition d'avertissement).

message d'avertissement "non désiré"

Comme warn=FALSE ne semble pas avoir d'effet, une autre façon de supprimer l'avertissement (qui dans ce cas n'a pas vraiment d'intérêt) consiste à utiliser

suppressWarnings(readLines(con=url))

au lieu de

readLines(con=url, warn=FALSE)

expressions multiples

Notez que vous pouvez également placer plusieurs expressions dans la "partie expressions réelles" (argument expr de tryCatch()) si vous les enroulez entre accolades (comme je l’ai illustré dans la partie finally).

522
Rappster

R utilise des fonctions pour implémenter le bloc try-catch:

La syntaxe ressemble un peu à ceci:

result = tryCatch({
    expr
}, warning = function(warning_condition) {
    warning-handler-code
}, error = function(error_condition) {
    error-handler-code
}, finally={
    cleanup-code
})

Dans tryCatch (), deux "conditions" peuvent être traitées: "avertissements" et "erreurs". La chose importante à comprendre lors de l'écriture de chaque bloc de code est l'état d'exécution et la portée. @ source

59
heretolearn

Voici n exemple simple:

# Do something, or tell me why it failed
my_update_function <- function(x){
    tryCatch(
        # This is what I want to do...
        {
        y = x * 2
        return(y)
        },
        # ... but if an error occurs, tell me what happened: 
        error=function(error_message) {
            message("This is my custom message.")
            message("And below is the error message from R:")
            message(error_message)
            return(NA)
        }
    )
}

Si vous souhaitez également capturer un "avertissement", ajoutez simplement warning= similaire à la partie error=.

29
Paul

tryCatch a une structure syntaxique légèrement complexe. Cependant, une fois que nous avons compris les 4 parties qui constituent un appel tryCatch complet, comme illustré ci-dessous, il devient facile de s'en souvenir:

expr : [Obligatoire] Code (s) R à évaluer

error : [Facultatif] Que doit-il être exécuté si une erreur survient lors de l'évaluation des codes dans expr

warning : [Facultatif] Que doit-il être exécuté si un avertissement se produit lors de l'évaluation des codes dans expr

finally : [Facultatif] Que devrait-il être exécuté juste avant de quitter l'appel tryCatch, indépendamment du fait que si expr s'est déroulé avec succès, avec une erreur ou avec un avertissement

tryCatch(
    expr = {
        # Your code...
        # goes here...
        # ...
    },
    error = function(e){ 
        # (Optional)
        # Do this if an error is caught...
    },
    warning = function(w){
        # (Optional)
        # Do this if an warning is caught...
    },
    finally = {
        # (Optional)
        # Do this at the end before quitting the tryCatch structure...
    }
)

Ainsi, un exemple de jouet, pour calculer le journal d'une valeur, pourrait ressembler à ceci:

log_calculator <- function(x){
    tryCatch(
        expr = {
            message(log(x))
            message("Successfully executed the log(x) call.")
        },
        error = function(e){
            message('Caught an error!')
            print(e)
        },
        warning = function(w){
            message('Caught an warning!')
            print(w)
        },
        finally = {
            message('All done, quitting.')
        }
    )    
}

Maintenant, en cours d'exécution trois cas:

Un cas valide 

log_calculator(10)
# 2.30258509299405
# Successfully executed the log(x) call.
# All done, quitting.

Un cas "d'avertissement" 

log_calculator(-10)
# Caught an warning!
# <simpleWarning in log(x): NaNs produced>
# All done, quitting.

Un cas "d'erreur" 

log_calculator("log_me")
# Caught an error!
# <simpleError in log(x): non-numeric argument to mathematical function>
# All done, quitting.

J'ai écrit sur des cas d'utilisation utiles que j'utilise régulièrement. Trouvez plus de détails ici: https://rsangole.netlify.com/post/try-catch/

J'espère que c'est utile.

22
Rahul

Comme je viens de perdre deux jours de ma vie à essayer de résoudre pour tryCatch pour une fonction irr, j’ai pensé que je devrais partager ma sagesse (et ce qui manque). FYI - irr est une fonction réelle de FinCal dans ce cas où des erreurs sont survenues dans quelques cas sur un grand ensemble de données.

  1. Configurez tryCatch dans le cadre d'une fonction. Par exemple:

    irr2 <- function (x) {
  out <- tryCatch(irr(x), error = function(e) NULL)
  return(out)
}

  2. Pour que l'erreur (ou l'avertissement) fonctionne, vous devez créer une fonction. À l'origine, la partie erreur venait d'écrire error = return(NULL) et TOUTES les valeurs renvoyaient null.

  3. N'oubliez pas de créer une sous-sortie (comme mon "out") et de return(out).

22
James