web-dev-qa-db-fra.com

Dans RStudio / RMarkdown, comment connecter?

setwd dans un fichier Rmd dans RStudio ne semble pas changer le répertoire dans les morceaux suivants. Existe-t-il un moyen de définir définitivement le répertoire de travail?

Exemple:

```{r}
setwd("/tmp")
getwd()
```

```{r}
getwd()
```

Production:

setwd("/tmp")
getwd()
## [1] "/private/tmp"

getwd()
## [1] "/Users/me/src"

C'est sur Mac OS 10.8.5 utilisant RStudio 0.97.551, R version 3.0.2 et knitr version 1.5.

Je souhaite définir le répertoire une fois pour tous les morceaux suivants.

rrstudior-markdown
32
user650654

Voir numéro 277 et pour plus d'informations, les commentaires de l'auteur du package ici

Ce que vous recherchez est le root.dir option de bloc.

Ce qui suit définira le répertoire racine de ce bloc de code (et des suivants)

```{r setup}
opts_chunk$set(root.dir = '/tmp')
```

EDIT: RStudio 1.0.44

depuis la dernière version de RStudio (oct/nov 2016), l'extrait suivant est nécessaire pour la valeur par défaut de render de knitr:

```{r setup}
knitr::opts_knit$set(root.dir = '/tmp')
```

voir le commentaire d'Etienne sur les versions ci-dessous.

31
mnel