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Essayer de publier un bloc-notes R et de continuer à obtenir la même erreur (Erreur dans contrib.url (repos, "source") en essayant d'utiliser CRAN sans définir de miroir

J'utilise OSX Yosemite avec XQuartz comme cela a été suggéré dans d'autres questions, et j'ai essayé de publier un bloc-notes, mais j'obtiens la même erreur à chaque fois. Voici à quoi ressemble le fichier .R:

#' ---
#' title: "MLB Payroll Analysis"
#' author: "Steven Quartz Universe"
#' date: "21 March 2015"
#' output: pdf_document
#' ---

#loading the payroll data from the Python document
payroll <- read.table("~/Documents/payroll.txt", header=TRUE, quote="\"")

View(payroll)

summary(payroll)

bank <- payroll$PayrollMillions
wins <- payroll$X2014Wins

#loading the payroll data from the Python document
payroll <- read.table("~/Documents/payroll.txt", header=TRUE, quote="\"")

summary(payroll)

bank <- payroll$PayrollMillions
wins <- payroll$X2014Wins

#displaying the mean and sd of payroll and wins (out of 162, of course)
mean(bank)
sd(bank)
mean(wins)
sd(wins)

#setting a linear regression
reg <- lm(wins ~ bank)
summary(reg)
#the regression is valid to significance < .10 (p-value .05072),
#but the R-squared is only .1296, a weak correlation

#a means of comparing the histogram to a normal distribution
histNorm <- function(x, densCol = "darkblue"){
  m <- mean(x)
  std <- sqrt(var(x))
  h <- max(hist(x,plot=FALSE)$density)
  d <- dnorm(x, mean=m, sd=std)
  maxY <- max(h,d)
  hist(x, prob=TRUE,
       xlab="x", ylim=c(0, maxY),
       main="(Probability) Histogram with Normal Density")
  curve(dnorm(x, mean=m, sd=std),
        col=densCol, lwd=2, add=TRUE)
}

#showing the histogram with normal distribution line
histNorm(reg$residuals, "purple")

#QQplots and Shapiro-Wilk test
qqnorm(reg$residuals)
qqline(reg$residuals)
shapiro.test(reg$residuals)
#p-value is .383; this can be considered a normal distribution

plot(reg$fitted.values,reg$residuals)
abline(h = 0)
#variances are wide, but in a channel

install.packages("lmtest")
library(lmtest)
bptest(reg)
#p-value of .849 given; we can assume variances are constant throughout the     distribution

hats <- hatvalues(reg)

hatmu <- mean(hats)
hats[hats > 2 * hatmu]
#we get teams 14 and 19 with high leverage; the Dodgers and Yankees with their     astronomical payrolls

treg <- rstudent(reg)
n <- length(treg)
p <- reg$coefficients
df <- n - p - 1
alpha <- 0.05

#no bonferroni correction for outliers
crit <- qt(1 - alpha/2,df)
treg[abs(treg) > crit]
#no outliers are found

#with bonferroni correction
crit <- qt(1 - (alpha/2)/n,df)
treg[abs(treg) > crit]
#no outliers are found

#comparison of outlier tests
pvals <- pt(-abs(treg),df)*2
padjb <- p.adjust(pvals, method = "bonferroni")
padjf <- p.adjust(pvals, method = "fdr")
cbind(pvals,padjb,padjf)

Lorsque je clique sur Compile Notebook, voici la sortie:

  |......................                                           |  33%
  ordinary text without R code

  |...........................................                      |  67%
label: unnamed-chunk-1


processing file: payroll.spin.Rmd

Quitting from lines 9-90 (payroll.spin.Rmd) 
Error in contrib.url(repos, "source") : 
  trying to use CRAN without setting a mirror
Calls: <Anonymous> ... withVisible -> eval -> eval -> install.packages ->     contrib.url

J'ai examiné d'autres questions sur la façon de rectifier cela, mais en vain. J'ai fait les correctifs de ligne de commande, encore une fois en vain. Quelqu'un pourrait-il m'indiquer ce que je fais mal? Merci bien.

rrstudio
11
user3835980

La ligne

install.packages("lmtest")

est le problème ici. Comme l'indique le message d'erreur

Error in contrib.url(repos, "source") : 
  trying to use CRAN without setting a mirror

il est prévu que vous fournissiez un lien vers un dépôt pour le package. Donc, le changer (par exemple):

install.packages("lmtest", repos = "http://cran.us.r-project.org")

devrait faire l'affaire. Mais comme MrFlick et Ben Bolkers l'ont souligné dans leurs commentaires, cela devrait probablement être fait lorsque le paquet n'est pas déjà installé.

17
Dominic Comtois

J'ai eu ce même problème avec une publication HTML Knit, j'ai modifié le tout début du fichier comme suit:

---
title: "dialectic"
author: "micah smith"
date: "3/4/2017"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=1)
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

la chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=1) était la ligne qui l'a corrigé

7
Micah
chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=1)
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

Écrivez ceci au début de votre bloc si vous avez déjà installé le paquet.

3
Puneet Rajput

Si vous avez déjà exécuté votre script install.packages ("___"), vous pouvez essayer de définir ce codechunk sur eval = FALSE lorsque vous essayez de tricoter votre fichier de démarque?

1
gbisra