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Existe-t-il un moyen de supprimer directement le markdown de votre espace de travail en utilisant RStudio?

Je me demande si je peux utiliser knitr markdown pour créer simplement un rapport à la volée avec des objets issus de mon espace de travail actuel. La reproductibilité n'est pas le problème ici. Je lis aussi très bien ce fil fil ici . 

Mais je reçois quand même un message d'erreur indiquant que l'objet en question était introuvable. 

1) Supposons que j'ouvre un nouveau document de démarque et le sauvegarde. 

2) écrivez un morceau qui fait référence à un objet lm dans mon espace de travail. appeler summary(mylmobject)

3) le knitr.

Malheureusement, le rapport est généré, mais le résultat de la régression ne peut pas être affiché car l'objet est introuvable. Notez, cela fonctionne en général si je viens de sauvegarder l'objet dans .Rdata puis de le charger directement à partir du fichier de démarquage. 

Existe-t-il un moyen d’utiliser des objets dans le démarquage R qui se trouvent dans l’espace de travail actuel?.

rknitrrstudio
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Matt Bannert

RStudio ouvre une session new R sur knit() votre fichier R Markdown, afin que les objets de votre espace de travail actuel ne soient pas disponibles pour cette session (il s'agit de deux sessions distinctes). Deux solutions:

  1. file a feature request sur RStudio, en leur demandant de prendre en charge le tricotage dans la session R en cours au lieu de forcer le démarrage d’une nouvelle session;
  2. tricoté manuellement par vous-même: library(knitr); knit('your_file.Rmd') (ou knit2html() si vous souhaitez une sortie HTML en une étape, ou rmarkdown::render() si vous utilisez R Markdown v2 )
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Yihui Xie

Pourrait être plus facile de sauvegarder vos données de votre autre session en utilisant:

save.image("C:/Users/Desktop/example_candelete.RData")

puis chargez-le dans votre fichier MD:

load("C:/Users/Desktop/example_candelete.RData")
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mmann1123

Le package Markdownreports est conçu pour analyser un document de démarquage à la volée. 

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bud.dugong

Comme l'a commenté Julien Colomb, la meilleure chose à faire dans cette situation est de sauvegarder les gros objets, puis de les charger explicitement pendant que je modifie le démarquage. Ceci est indispensable si vos données proviennent d'un ODBC et que vous ne voulez pas exécuter les requêtes entières de manière répétée lorsque vous bricolez des polices et des thèmes. 

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CClarke