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Fonction R max ignorer NA

J'ai ci-dessous le code de travail. Lorsque je réplique les mêmes choses sur un autre ensemble de données, des erreurs se produisent :(

#max by values
df <- data.frame(age=c(5,NA,9), marks=c(1,2,7), story=c(2,9,NA))
df

df$colMax <- apply(df[,1:3], 1, function(x) max(x[x != 9],na.rm=TRUE))
df

J'ai essayé de faire la même chose sur une plus grande donnée et je reçois des avertissements, pourquoi?

maindata$max_pc_age <- apply(maindata[,c(paste("Q2",1:18,sep="_"))], 1, function(x) max(x[x != 9],na.rm=TRUE))


50: In max(x[x != 9], na.rm = TRUE) :
  no non-missing arguments to max; returning -Inf

afin de mieux comprendre le problème, j'ai apporté les modifications décrites ci-dessous, mais j'ai quand même eu des avertissements

maindata$max_pc_age <- apply(maindata[,c(paste("Q2",1:18,sep="_"))], 1, function(x) max(x,na.rm=TRUE))
1: In max(x, na.rm = TRUE) : no non-missing arguments to max; returning -Inf
rmax
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user2543622

Il semble que le problème ait déjà été signalé dans les commentaires. Étant donné que certains vecteurs ne contiennent que NAs, -Inf est signalé, ce qui ressort des commentaires que vous n'aimez pas. Dans cette réponse, j'aimerais indiquer une solution possible au problème, à savoir intégrer une instruction de contrôle (au lieu de remplacer -Inf après le fait, ce qui est également valable). Par exemple,

 my.max <- function(x) ifelse( !all(is.na(x)), max(x, na.rm=T), NA)

fait ce tour. Si chaque élément (all) dans x est NA, alors NA est renvoyé, et max sinon. Si vous souhaitez qu'une autre valeur soit renvoyée, échangez simplement NA pour cette valeur. Vous pouvez également intégrer cela facilement à votre fonction apply-. Par exemple. 

 maindata$max_pc_age <- apply(maindata[,c(paste("Q2",1:18,sep="_"))], 1, my.max)

Je suis encore parfois parfois dérouté par le traitement de NA et jeu vide de R. Des déclarations telles que test <- NA; test==NA donneront NA comme résultat (au lieu de TRUE, renvoyé par is.na(test)), ce qui est parfois rationalisé en disant que puisque la valeur est manquante, comment pouvez-vous savoir que ces deux valeurs manquantes sont identiques? Dans ce cas, cependant, max renvoie -Inf puisqu'il est donné un ensemble vide, ce qui, à mon avis, n’est pas du tout évident. Mon expérience est cependant que si des résultats étranges et inattendus apparaissent, NAs ou ensembles vides sont souvent impliqués. 

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coffeinjunky

Dans les cas comme ci-dessous:

df[2,2] <- NA
df[1,2] <- -5

apply(df, 1, function(x) max(x[x != 9],na.rm=TRUE))
#[1]    5 -Inf    7
#Warning message:
#In max(x[x != 9], na.rm = TRUE) :
#  no non-missing arguments to max; returning -Inf

Vous pourriez faire:

df1 <- df  
minVal <- min(df1[!is.na(df1)])-1

df1[is.na(df1)|df1==9] <- minVal
val <- do.call(`pmax`, df1)
val[val==minVal] <- NA
val
#[1]  5 NA  7
1
akrun