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Impossible de charger X11 dans R après la mise à niveau d'OS X Yosemite

Je rencontre l'erreur suivante lorsque j'essaie d'utiliser ggplot2 et de tracer dans la console après la mise à niveau vers Yosemite:

Error in (function (display = "", width, height, pointsize, gamma, bg,  : 
  X11 module cannot be loaded
In addition: Warning message:
In (function (display = "", width, height, pointsize, gamma, bg,  :
  unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules//R_X11.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules//R_X11.so, 6): Library not loaded: /usr/X11/lib/libSM.6.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules//R_X11.so
  Reason: image not found

Comment puis-je résoudre ce problème?

rmacosx11osx-yosemite
40
raynach

Exécutez ce qui suit dans une fenêtre de terminal:

locate libSM.6.dylib

ou faites-le à partir d'une console R:

system("locate libSM.6.dylib")

Sur mon installation Yosemite, c'est dans /opt/X11/lib/libSM.6.dylib.

Si votre configuration est similaire, alors:

Sudo ln -s /usr/X11 /opt/X11

devrait aider à résoudre ce problème temporairement, mais je continuerais à chercher un package Yosemite R (car cela s'adaptera à toutes les modifications Apple apportées à la structure du système de fichiers).

28
hrbrmstr

Il semble que la mise à jour du système d'exploitation ait supprimé les liens symboliques/usr/X11 et/usr/X11R6. Veuillez simplement réinstaller XQuartz à partir de http://xquartz.macosforge.org qui réinstallera les liens symboliques pour vous.

33
Jeremy Huddleston Sequoia

Peut-être que cela ne fonctionnera pas pour tout le monde, je ne suis même pas sûr du problème, mais j'ai trouvé les mêmes messages d'erreur après l'installation de Yosemite et j'ai pu résoudre le problème simplement en réinstallant XQuartz à partir de http: // xquartz.macosforge.org

3
KSlizzle

J'ai eu le même problème avec R et OS X Yosemite (mais avec le fichier libpng15.15.dylib). Pour moi, les étapes suivantes ont été utiles:

  • installer la dernière version de XQuartz 2.7.7

  • Sudo ln -s /opt/X11/lib/libpng15.15.dylib /usr/local/lib/libpng15.15.dylib

2
Andrey Shokhin