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Installation du package "rgl" sous R, Mac OS X El Capitan

Je suis nouveau dans la programmation en R, donc je m'excuse d'avance si j'ai l'air naïf. Je souhaite pouvoir analyser certaines données en 3D sur mes principaux composants. J'ai lu que la fonction "pca3d" est bonne pour cela, mais je dois télécharger la bibliothèque "rgl". Lorsque j'utilise install.packages, il me demande:

install.packages("rgl")

  There is a binary version available but the source version is later:
   binary    source needs_compilation
rgl 0.95.1201 0.95.1367              TRUE

Do you want to install from sources the package which needs compilation?
y/n: n

J'ai essayé de l'installer en binaire et en source, mais rien ne semble fonctionner. Si j'essaye de charger la version binaire, j'obtiens cette erreur:

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rgl', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rgl/libs/rgl.so':
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rgl/libs/rgl.so, 6): Library not loaded: /opt/X11/lib/libGLU.1.dylib
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rgl/libs/rgl.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rgl’

Si je dis "oui" pour installer à partir du source, j'obtiens l'erreur suivante:

configure: error: X11 not found but required, configure aborted.
ERROR: configuration failed for package ‘rgl’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rgl’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rgl’
Warning in install.packages :
 installation of package ‘rgl’ had non-zero exit status

Cela fait des heures que je cherche comment faire fonctionner cela, donc si quelqu'un pouvait me dire comment installer le paquet rgl, je lui en serais extrêmement reconnaissant!

Merci, Claire

rmacososx-elcapitanrgl
7
Claire

Après avoir parlé avec un collègue, tout ce que je devais faire était de télécharger XQuartz à partir de ici pour installer X11, puis à nouveau le paquet source. Maintenant ça marche!

9
Claire

Le téléchargement de XQuartz a complètement résolu le problème après des heures perdues à essayer de trouver une solution à ce problème.

2
hannibelle

J'ai d'abord téléchargé le paquet sur mon bureau, mais R m'a donné la même erreur, voici ce qui a fonctionné pour mon Mac:

install.packages ("rgl", lib = "Bureau/rgl_0.96.0 (1) .tgz") Avertissement dans install.packages: 'lib = "Bureau/rgl_0.96.0 (1 ) .tgz "'n’est pas accessible en écriture Voulez-vous utiliser une bibliothèque personnelle à la place? (o/n) y Souhaitez-vous créer une bibliothèque personnelle ~/Library/R/3.3/library dans laquelle installer les packages? (o/n) y

2
Helie

Dans mon cas, non seulement installer XQuartz, mais je dois aussi ouvrir XQuartz.app manuellement, puis exécuter install.packages ("rgl").

C’est seulement ainsi que R aurait trouvé X11 dans mon cas ...

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flyboyleo