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le paquet 'stringi' ne fonctionne pas après la mise à jour vers R3.2.1

J'ai vu un version de cette question posté, mais je n'ai toujours pas vu la réponse. J'essaie d'utiliser ggplot2 mais j'obtiens les erreurs suivantes (tout a fonctionné ce matin en utilisant R3.0.2 'frisbee sailing' avec RStudio version 0.98.1102.

J'ai mis à jour R et Rstudio et j'obtiens maintenant ce qui suit:

library(ggplot)
Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 
           there is no package called ‘stringi’
            Error: package or namespace load failed for ‘ggplot2’

Alors naturellement j'ai essayé:

> install.packages('stringi')

**There is a binary version available but the source version is later:
    binary source needs_compilation
 stringi  0.4-1  0.5-2             FALSE**

 installing the source package ‘stringi’

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/stringi_0.5-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3641292 bytes (3.5 MB)
==================================================
downloaded 3.5 MB

* installing *source* package ‘stringi’ ...
** package ‘stringi’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for local ICUDT_DIR... icu55/data
checking for R_HOME... /Library/Frameworks/R.framework/Resources
checking for R... /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R
checking for R >= 3.1.0... yes
checking for cat... /bin/cat
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 150: make: 

command not found

/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 151: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 152: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 153: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 269: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 150: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 151: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 152: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 153: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 269: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 150: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 151: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 152: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 153: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 269: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 150: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 151: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 152: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 153: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 269: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 150: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 151: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 152: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 153: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 269: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 150: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 151: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 152: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 153: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 269: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 150: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 151: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 152: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 153: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 269: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 150: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 151: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 152: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 153: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 269: make: command not found
checking for gcc... no
checking for cc... no
checking for cl.exe... no
configure: error: in `/private/var/folders/bq/3jbmwwh553s395pjg1m9h7fr0000gn/T/Rtmpugc1jZ/R.INSTALLc4677f69ffba/stringi':
configure: error: no acceptable C compiler found in $PATH
See `config.log' for more details
ERROR: configuration failed for package ‘stringi’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/stringi’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘stringi’ had non-zero exit status

    The downloaded source packages are in
        ‘/private/var/folders/bq/3jbmwwh553s395pjg1m9h7fr0000gn/T/RtmpXvl7fe/downloaded_packages’

Des suggestions sur la façon d'installer 'stringi'? Je ne connais pas vraiment la sortie d'erreur. Dois-je simplement essayer de revenir aux anciennes versions de R et Rstudio? En fin de compte, je crains que ce ne soit que la pointe de l'iceberg en termes de packages qui ne fonctionnent plus avec le R mis à jour.

oh et:

 > sessionInfo()
R version 3.2.1 (2015-06-18)
Platform: x86_64-Apple-darwin10.8.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.7.5 (Lion)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] plyr_1.8.3   tools_3.2.1  gtable_0.1.2 Rcpp_0.11.6  grid_3.2.1  digest_0.6.8 proto_0.3-10
rggplot2stringi
21
Kodiakflds

J'ai eu le même problème. Le commentaire de Marek ci-dessus, que install.packages recherche la source au lieu du binaire parce qu'il est plus récent, était également correct pour moi. Mais sa suggestion d'utiliser la ligne "options" n'a pas fonctionné pour moi pour une raison quelconque. Cependant, cela a fonctionné:

install.packages("stringi",type="mac.binary")

C'est beaucoup plus facile que d'essayer d'installer un compilateur via Xcode pour traiter le package source.

16
robJ

Vous êtes victime de install.packages.check.source options qui obligent R à essayer d'installer le package à partir des sources si les sources sont plus récentes que le binaire. Ce qui se produit lorsque le package est mis à jour (les binaires apparaissent <72 après les sources). Ce qui était le cas avec stringi (regardez les messages que vous avez reçus: here is a binary version available but the source version is later).

Je mets

options(install.packages.check.source = "no")

dans mon .Rprofile fichier pour ne pas être inquiété par install.packages. Tout ce que je dois faire est d'attendre que les binaires soient compilés.

5
Marek

J'ai essayé install.packages("stringi") et cela a causé mon R Studio pour ne plus reconnaître les packages que j'avais installés.

Je l'ai résolu en exécutant cette commande. J'espère que ça aide:

install.packages("stringi", repos="http://cran.rstudio.com/", dependencies=TRUE)
5
yl33

Lors de l'exécution des commandes dans Rstudio, lorsqu'une fenêtre contextuelle avec un message " Voulez-vous installer à partir des sources le paquet qui nécessite une compilation " est apparue, j'ai cliqué sur "Non" et cela a fonctionné! J'avais initialement choisi "Oui". Mais cela n'a pas fonctionné pour moi. Ensuite, j'ai lu un article ici pour savoir ce qui devrait être sélectionné. Après avoir choisi "Non", cela a fonctionné ...

2
KRM

Dans Windows 8, exécutez R en tant qu'administrateur a résolu le problème pour moi.

1
zac

Vous devez installer les outils de ligne de commande pour Xcode selon les instructions ici:

https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200486498-Package-Development-Prerequisites

0
Nick Kennedy