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L'installation du package OS X dépend de gfortran-4.8

J'utilise la version de développement OS X de R

R Under development (unstable) (2014-05-27 r65787)
Platform: x86_64-Apple-darwin13.1.0 (64-bit)

avec GNU Fortran (GCC) 4.2.3 (de site de Simon ) et la version 5.1.1 des outils de ligne de commande de Xcode.

Lors de la construction à partir de la source, j'obtiens des erreurs comme:

gfortran-4.8   -fPIC  -g -O2  -c altmov.f -o altmov.o
make: gfortran-4.8: No such file or directory

Je ne sais pas quoi faire ici. Je pourrais créer un alias pour la version que j'ai mais je ne sais pas si elle a vraiment besoin de 4.8 ou non.

Merci,

Max

rfortran
44
topepo

Tapez ces deux lignes dans votre terminal, devis direct:

curl -O http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2
Sudo tar fvxj gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 -C /

Il vous téléchargera le gfortran pour Mavericks (qui manque actuellement dans votre système) et l'installera dans votre système. Au moins, cela a résolu le même problème pour moi

(J'utilise MacPro fin 2011, Mavericks).

51
TheBigMike

Edit: Je pense maintenant que cela est mieux accompli en utilisant Homebrew:

brew reinstall gcc48 --with-fortran

Bien que je pense que la procédure suivante fonctionnera, elle n'est pas aussi propre. Cependant, je recommande toujours de configurer ~/.R/Makevars comme décrit ci-dessous.

Pour s'appuyer sur la réponse de @TheBigMike, j'ai utilisé la procédure suivante pour installer gfortran-4.8 avec homebrew, puis j'ai configuré R pour sélectionner ce compilateur fortran.

Tout d'abord, téléchargez et décompressez gfortran 4.8:

su admin
curl -O http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2
mkdir /tmp/gfortran
tar fvxz gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 -C /tmp/gfortran

Supprimez l'alias de fichier gfortran qui interfère avec l'homebrew:

rm /tmp/gfortran/usr/local/bin/gfortran

Installer gfortran 4.8

cp -r /tmp/gfortran/usr/local/ /usr/local

Pour dire à R d'utiliser gfortran 4.8, créez un fichier appelé ~/.R/Makevars:

mkdir -p ~/.R
touch ~/.R/Makevars

Mettez ce qui suit dans ~/.R/Makevars:

FLIBS=""
F77="gfortran-4.8"
FC="gfortran-4.8"

Redémarrez maintenant R. Une fois que R a été redémarré, tous les packages qui dépendent de fortran 4.8 devraient maintenant fonctionner. les homebrews ne doivent pas être dérangés.

17
Ian Dennis Miller

J'ai rencontré le même problème, mais sur R Studio. Ce qui suit a fonctionné pour moi, bien que j'ai dû réinstaller tous mes packages R après (note: les réinstallations ont pris un certain temps et semblent se passer un peu, je ne sais pas si ce sont les étapes appropriées, utilisez à vos risques et périls):

Téléchargez la dernière version de R Studio et ensuite dans le terminal: brew install gcc brew update && brew reinstall r brew link --overwrite r

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grantog

Ceci est bien expliqué dans FAQ Rcpp , section 2.16. Fondamentalement, vous devez installer gfortran (homebrew install gcc ou dans l'autre sens), puis modifiez Makeconf pour pointer FLIBS vers les bibliothèques fortran pertinentes.

Ce sont les étapes qui ont fonctionné pour moi:

  1. Installer gcc48 via homebrew

  2. Assurez-vous que gfortran et gfortran-4.8 pointent vers les versions nouvellement installées.

  3. Commentez la variable FLIBS dans /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf.

L'étape 3 a été la plus importante, car elle est conçue pour fonctionner avec le gfortran qui est installé de la manière suggérée par @TheBigMike, c'est-à-dire en téléchargeant et en extrayant l'archive gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2.

4
mpiktas

Ce qui suit a fonctionné pour moi sur OSX High Sierra et RStudio 1.1.423:

  1. Installez gcc/gfortran via Homebrew: brew install gcc
  2. Modifier /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf et remplacer toutes les instances de gfortran-4.8 avec gfortran
  3. Remplacez également FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/x86_64-Apple-darwin13.0.0/4.8.2 avec FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/7/ -lgfortran -lquadmath -lm.
  4. Essayez à nouveau d'installer le package.
3
Emaad Ahmed Manzoor
  1. Installez gcc/gfortran via Homebrew: brew install gcc
  2. Assurez-vous de le remplacer ne se fait pas automatiquement: /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf et remplacer toutes les instances de gfortran-4.8 (ou n'importe quel nombre) par gfortran
  3. Remplacer FLIBS = -L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-Apple-darwin15/6.1.0 -L/usr/local/gfortran/lib -lgfortran -lquadmath -lm à FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/7/ -lgfortran -lquadmath -lm
  4. Réinstaller le package pour moi était robustbase qui était requis par la bibliothèque fpc
1
dguardia

J'ai le même problème et j'ai trouvé une déclaration sur le site R cran ( https://cran.ism.ac.jp/ ) Dans le dernier OSX tel que High Sierra, certaines bibliothèques nécessaires ne sont pas incluses et ceux-ci doivent être installés. La page explique cela avec bonté, citant

Important: cette version utilise Clang 6.0.0 et GNU Fortran 6.1, aucun des deux n'est fourni par Apple. Si vous souhaitez compiler des packages R à partir de sources, vous devrez télécharger et installer ces outils - voir le répertoire tools .

J'ai résolu les problèmes (gfortran manquant, etc.) en appliquant les deux packages suivants, ici.

  1. clang-6.0.0.pkg (OS X 10.11+, signé, 64 bits) Hachage MD5: c29700c4e7b2914073ef7e741eb105bc (environ 418 Mo)
  2. gfortran-6.1.pkg (OS X 10.11+, signé, 64 bits) Hachage MD5: 201026216e8b373d9cd2efc0cc474bb8 (environ 73 Mo)
1
Tsuney

La version mise à jour de RStudio (version 0.98.1091) semble résoudre ce problème.

0
Brian Mac Namee