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lire un fichier texte dans R ligne par ligne

Je voudrais lire un fichier texte dans R, ligne par ligne, en utilisant une boucle for et avec la longueur du fichier. Le problème est que seul le caractère (0) est imprimé. C'est le code:

fileName="up_down.txt"
con=file(fileName,open="r")
line=readLines(con) 
long=length(line)
for (i in 1:long){
    linn=readLines(con,1)
    print(linn)
}
close(con)
rtextfile-io
37
Layla

Voici la solution avec une boucle for. Il est important de noter que l'appel unique à readLines est sorti de la boucle for afin qu'il ne soit pas appelé de manière incorrecte encore et encore. C'est ici:

fileName <- "up_down.txt"
conn <- file(fileName,open="r")
linn <-readLines(conn)
for (i in 1:length(linn)){
   print(linn[i])
}
close(conn)
31
Layla

Vous devriez faire attention avec readLines(...) et les gros fichiers. Lire toutes les lignes en mémoire peut être risqué. Voici un exemple de lecture de fichier et de traitement d’une seule ligne à la fois:

processFile = function(filepath) {
  con = file(filepath, "r")
  while ( TRUE ) {
    line = readLines(con, n = 1)
    if ( length(line) == 0 ) {
      break
    }
    print(line)
  }

  close(con)
}

Comprenez aussi le risque de lire une ligne en mémoire. Les gros fichiers sans sauts de ligne peuvent également remplir votre mémoire.

90
dvd

Il suffit d'utiliser readLines dans votre fichier:

R> res <- readLines(system.file("DESCRIPTION", package="MASS"))
R> length(res)
[1] 27
R> res
 [1] "Package: MASS"                                                                  
 [2] "Priority: recommended"                                                          
 [3] "Version: 7.3-18"                                                                
 [4] "Date: 2012-05-28"                                                               
 [5] "Revision: $Rev: 3167 $"                                                         
 [6] "Depends: R (>= 2.14.0), grDevices, graphics, stats, utils"                      
 [7] "Suggests: lattice, nlme, nnet, survival"                                        
 [8] "Authors@R: c(person(\"Brian\", \"Ripley\", role = c(\"aut\", \"cre\", \"cph\"),"
 [9] "        email = \"[email protected]\"), person(\"Kurt\", \"Hornik\", role"  
[10] "        = \"trl\", comment = \"partial port ca 1998\"), person(\"Albrecht\","   
[11] "        \"Gebhardt\", role = \"trl\", comment = \"partial port ca 1998\"),"     
[12] "        person(\"David\", \"Firth\", role = \"ctb\"))"                          
[13] "Description: Functions and datasets to support Venables and Ripley,"            
[14] "        'Modern Applied Statistics with S' (4th edition, 2002)."                
[15] "Title: Support Functions and Datasets for Venables and Ripley's MASS"           
[16] "License: GPL-2 | GPL-3"                                                         
[17] "URL: http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/"                                      
[18] "LazyData: yes"                                                                  
[19] "Packaged: 2012-05-28 08:47:38 UTC; ripley"                                      
[20] "Author: Brian Ripley [aut, cre, cph], Kurt Hornik [trl] (partial port"          
[21] "        ca 1998), Albrecht Gebhardt [trl] (partial port ca 1998), David"        
[22] "        Firth [ctb]"                                                            
[23] "Maintainer: Brian Ripley <[email protected]>"                               
[24] "Repository: CRAN"                                                               
[25] "Date/Publication: 2012-05-28 08:53:03"                                          
[26] "Built: R 2.15.1; x86_64-pc-mingw32; 2012-06-22 14:16:09 UTC; windows"           
[27] "Archs: i386, x64"                                                               
R>

Il y a tout un manuel consacré à cela ...

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Dirk Eddelbuettel

J'écris un code pour lire le fichier ligne par ligne afin de répondre à ma demande. Les différentes lignes ont des types de données différents. Suivez les articles suivants: lecture-ligne-ligne-de-fichier-en-r et détermination- nombre de lignes-enregistrements . Et cela devrait être une meilleure solution pour les gros fichiers, je pense. Ma version R (3.3.2).

con = file("pathtotargetfile", "r")
readsizeof<-2    # read size for one step to caculate number of lines in file
nooflines<-0     # number of lines
while((linesread<-length(readLines(con,readsizeof)))>0)    # calculate number of lines. Also a better solution for big file
  nooflines<-nooflines+linesread

con = file("pathtotargetfile", "r")    # open file again to variable con, since the cursor have went to the end of the file after caculating number of lines
typelist = list(0,'c',0,'c',0,0,'c',0)    # a list to specific the lines data type, which means the first line has same type with 0 (e.g. numeric)and second line has same type with 'c' (e.g. character). This meet my demand.
for(i in 1:nooflines) {
  tmp <- scan(file=con, nlines=1, what=typelist[[i]], quiet=TRUE)
  print(is.vector(tmp))
  print(tmp)
}
close(con)
3
Nick Dong

Je vous suggère de vérifier chunked et disk.frame . Ils ont tous deux des fonctions de lecture dans les CSV, morceau par morceau.

En particulier, disk.frame::csv_to_disk.frame peut être la fonction que vous recherchez?

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xiaodai