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Mettez les extrémités des moustaches sur le boxplot

Je voudrais mettre des lignes perpendiculaires aux extrémités des moustaches comme la fonction boxplot donne automatiquement.

rggplot2boxplot
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user1762299

Comme indiqué mais non implémenté par @Roland, vous pouvez utiliser stat_boxplot pour implémenter cela. L'astuce appelant _boxplot deux fois et consiste à définir geom sur errorbar pour l'un des appels.

Notez que comme R utilise une approche stylo et papier, il est conseillé d'implémenter les barres d'erreur d'abord en dessinant le boxplot traditionnel par-dessus.

Utilisation des données fictives de @ Roland df

ggplot(df, aes(x=cond, y = value))  + 
 stat_boxplot(geom ='errorbar') + 
 geom_boxplot() # shorthand for  stat_boxplot(geom='boxplot')

enter image description here

L'aide pour stat_boxplot (?stat_boxplot) détaille les différentes valeurs calculées et enregistrées dans un data.frame

53
mnel

Pour redimensionner les lignes de moustaches, nous pouvons utiliser l'argument width = 0.5 à l'intérieur de la fonction: stat_boxplot

set.seed(42)
df <- data.frame(cond = factor(rep(c("A", "B"), each = 500)), 
                 value = c(rnorm(500, mean = 1, sd = 0.2), 
                           rnorm(500, mean = 1.5, sd = 0.1))) 

library(ggplot2)
ggplot(df, aes(x = cond, y = value)) +
       stat_boxplot(geom = "errorbar", width = 0.5) +  
       geom_boxplot()

enter image description here

23
mpalanco

Il pourrait être possible d'utiliser stat_boxplot pour calculer les fins de moustaches, mais je ne suis pas assez _ ggplot2 assistant, donc j'utilise la fonction de base pour cela.

set.seed(42)
df <- data.frame(cond = factor( rep(c("A","B"), each=500) ), 
                 value = c(rnorm(500,mean=1,sd=0.2),rnorm(500, mean=1.5,sd=0.1)))


whisk <- function(df,cond_col=1,val_col=2) {
  require(reshape2)
  condname <- names(df)[cond_col]
  names(df)[cond_col] <- "cond" 
  names(df)[val_col] <- "value"
  b <- boxplot(value~cond,data=df,plot=FALSE)
  df2 <- cbind(as.data.frame(b$stats),c("min","lq","m","uq","max"))
  names(df2) <- c(levels(df$cond),"pos")
  df2 <- melt(df2,id="pos",variable.name="cond")
  df2 <- dcast(df2,cond~pos)  
  names(df2)[1] <- condname
  df2
}



library(ggplot2)

plot1 <- ggplot(df, aes(x=cond)) 
plot1 <- plot1 + geom_errorbar(aes(ymin=min,ymax=max),data=whisk(df),width = 0.5)
plot1 <- plot1 + geom_boxplot(aes(y=value))
plot1

boxplot with horizontal at whisker ends

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Roland