web-dev-qa-db-fra.com

obtenir le temps d'exécution en millisecondes en R

J'ai lu une solution à cela en utilisant tic(), toc() functions 

tic <- function(gcFirst = TRUE, type=c("elapsed", "user.self", "sys.self"))
{
   type <- match.arg(type)
   assign(".type", type, envir=baseenv())
   if(gcFirst) gc(FALSE)
   tic <- proc.time()[type]         
   assign(".tic", tic, envir=baseenv())
   invisible(tic)
}

toc <- function()
{
   type <- get(".type", envir=baseenv())
   toc <- proc.time()[type]
   tic <- get(".tic", envir=baseenv())
   print(toc - tic)
   invisible(toc)
}




tic();
-----code----
toc();


elapsed 
   0.15

Mais j'aimerais avoir beaucoup de précision en millisecondes?

J'utilisais aussi ceci 

ptm <- proc.time()
---code
proc.time() - ptm

et obtenir ceci 

   user  system elapsed 
   1.55    0.25    1.84

Comment obtenir plus de décimales ou plus de précision? 

rbenchmarkingexecution-timemilliseconds
21
cMinor

1) Le minutage dépend du système d'exploitation. Sous Windows, vous ne pouvez obtenir que des millisecondes.

2) Nul besoin de définir tic() et toc(), R a system.time(). Voici un exemple:

R> system.time(replicate(100, sqrt(seq(1.0, 1.0e6))))
   user  system elapsed 
  2.210   0.650   2.867 
R>

3) Il existe d’excellents paquetages complémentaires rbenchmark et microbenchmark . 

3.1) rbenchmark est particulièrement utile pour la comparaison de commandes, mais peut également être utilisé directement:

R> library(rbenchmark)
R> x <- seq(1.0, 1.0e6); benchmark(sqrt(x), log(x))
     test replications elapsed relative user.self sys.self user.child sys.child
2  log(x)          100   5.408  2.85835      5.21     0.19          0         0
1 sqrt(x)          100   1.892  1.00000      1.62     0.26          0         0
R>

3.2) micro-référence excelle aux mesures de précision les plus élevées:

R> library(microbenchmark)
R> x <- seq(1.0, 1.0e6); microbenchmark(sqrt(x), log(x))
Unit: nanoseconds
     expr      min       lq   median       uq      max
1  log(x) 50589289 50703132 55283301 55353594 55917216
2 sqrt(x) 15309426 15412135 15452990 20011418 39551819
R>

et ce dernier, en particulier sous Linux, vous donne déjà des nanosecondes . Il peut également tracer les résultats, etc., donc examinez de plus près ce package.

33
Dirk Eddelbuettel

Celui-ci est bien:

options(digits.secs = 6) # This is set so that milliseconds are displayed

start.time <- Sys.time()

...Relevant code...

end.time <- Sys.time()
time.taken <- end.time - start.time
time.taken

Tiré de ici .

6
Denis Rasulev

Placez start_time avant votre code et end_time après votre code. 

c'est à dire.

start_time <- as.numeric(as.numeric(Sys.time())*1000, digits=15) # place at start

-----code----

end_time <- as.numeric(as.numeric(Sys.time())*1000, digits=15) # place at end

end_time - start_time    # run time (in milliseconds)
0
user5783745