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Problème de dépendance lors de l'installation du package caret dans R

J'essaie d'installer le package R caret

Ce qui me donne ERROR: dependencies ‘ggplot2’, ‘reshape2’, ‘BradleyTerry2’ are not available for package ‘caret’

J'ai essayé d'installer chacun de ces éléments individuellement, ce qui montre à nouveau l'installation en cours et se termine par le message que installation of package ‘X’ had non-zero exit status

1: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘minqa’ had non-zero exit status
2: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit status
3: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘scales’ had non-zero exit status
4: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘reshape2’ had non-zero exit status
5: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
6: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘ggplot2’ had non-zero exit status
7: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘BradleyTerry2’ had non-zero exit status
8: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘caret’ had non-zero exit status

Demander récursivement d'installer un paquet. Quelle est la solution?

J'avais une version plus ancienne, où j'obtenais une erreur similaire. J'ai supprimé et installé la dernière. La version actuelle est R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet", mais le message d'erreur similaire persiste

METTRE À JOUR

Commencé avec: install.packages('caret', repos='http://cran.rstudio.com/') qui affiche le message:

Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependencies ‘minqa’, ‘RcppEigen’, ‘scales’, ‘lme4’, ‘ggplot2’, ‘reshape2’, ‘BradleyTerry2’

et le processus se termine par:

installing to /usr/local/lib/R/site-library/reshape2/libs
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** preparing package for lazy loading
Error : package ‘stringr’ was built before R 3.0.0: please re-install it
ERROR: lazy loading failed for package ‘reshape2’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/reshape2’
ERROR: dependencies ‘minqa’, ‘RcppEigen’ are not available for package ‘lme4’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/lme4’
ERROR: dependencies ‘reshape2’, ‘scales’ are not available for package ‘ggplot2’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/ggplot2’
ERROR: dependency ‘lme4’ is not available for package ‘BradleyTerry2’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/BradleyTerry2’
ERROR: dependencies ‘ggplot2’, ‘reshape2’, ‘BradleyTerry2’ are not available for package ‘caret’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/caret’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpcLo8Rw/downloaded_packages’
Warning messages:
1: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘minqa’ had non-zero exit status
2: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit status
3: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘scales’ had non-zero exit status
4: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘reshape2’ had non-zero exit status
5: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
6: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘ggplot2’ had non-zero exit status
7: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘BradleyTerry2’ had non-zero exit status
8: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘caret’ had non-zero exit status
rr-caret
9
user123

Comme le suggère la documentation de caret execute install.packages("caret", dependencies = c("Depends", "Suggests")) pour s'assurer que tous les paquetages nécessaires sont installés et résoudre toutes les dépendances

9
Guillermo Santamaría

J'ai un problème similaire lorsque j'ai installé le paquet caret . Le problème que j'ai trouvé était dû à la mise à jour de la dépendance du paquet. La mise à jour de certains packages modifiera également leur dépendance qui risque de ne pas avoir la bonne version pour une utilisation ultérieure dans d'autres packages. Comme lors de l’installation de caret, cela montrait:

Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : there is no package called minqa?

La solution que j'ai trouvée consiste à rechercher d'abord le package à l'origine du problème. Vous pouvez obtenir cette information en installant simplement le paquet que vous voulez. Pour moi, celui-ci est "minqa" . Installez donc ce paquetage indépendamment. 

install.packages("minqa")

Mon problème résolu de cette façon. 

Pour vous, vous devez installer "une par une", "minqa", "RcppEigen", "balances", "lme4", "ggplot2", "reshape2", "BradleyTerry2".

9
tigergopro

J'ai rencontré des problèmes de dépendance similaires lors de l'installation de caret sur R:

> install.packages("caret", contriburl = "file:///usr/repo_AO/CRAN/")
ERROR: dependency ‘car’ is not available for package ‘caret’

> install.packages("car", contriburl = "file:///usr/repo_AO/CRAN/")
Installing package into ‘/usr/share/R/library-users’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning message:
package ‘car’ is not available (for R version 3.1.2) 

'car' package is for >= R 3.2
> R.version                
version.string R version 3.1.2 (2014-10-31)

J'ai trouvé que 'caret' ne demandait plus de dépendances une fois installé depuis O.S. une version 'car' plus ancienne du paquet R-car-2.0_21-1.8.x86_64.rpm:

$ Sudo yum install --nogpgcheck R-car-2.0_21-1.8.x86_64.rpm
Setting up Install Process
Examining R-car-2.0_21-1.8.x86_64.rpm: R-car-2.0_21-1.8.x86_64
Marking R-car-2.0_21-1.8.x86_64.rpm to be installed
Resolving Dependencies
--> Running transaction check
---> Package R-car.x86_64 0:2.0_21-1.8 will be installed
--> Finished Dependency Resolution
---8<---
Installed:
  R-car.x86_64 0:2.0_21-1.8                                                              
    Complete!

Ensuite:

    > install.packages("caret", contriburl = "file:///usr/repo_AO/CRAN/")
    Installing package into ‘/usr/share/R/library-users’
    (as ‘lib’ is unspecified)
    also installing the dependency ‘ggplot2’
    * installing *source* package ‘ggplot2’ ...
    ** package ‘ggplot2’ successfully unpacked and MD5 sums checked
    ----8<----
    ** building package indices
    ** installing vignettes
    ** testing if installed package can be loaded
    * DONE (ggplot2)
    * installing *source* package ‘caret’ ...
    ** package ‘caret’ successfully unpacked and MD5 sums checked
    ** libs
    gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic  -c caret.c -o caret.o
    gcc -m64 -std=gnu99 -shared -L/usr/lib64/R/lib -L/usr/local/lib64 -o caret.so caret.o -L/usr/lib64/R/lib -lR
    installing to /usr/share/R/library-users/caret/libs
    ----8<----
    ** testing if installed package can be loaded
    * DONE (caret)

(*) J'ai utilisé un référentiel local car il n'y a pas de connexion Internet directe, mais l'emplacement du dépôt n'est pas pertinent.

2
Ra_

J'ai également eu un problème similaire avec caret package installation. 

J'utilise Linux Mint 17.3 Cinnamon 64 bits:

  • R version 3.3.0 (2016-05-03)
  • Plate-forme: x86_64-pc-linux-gnu (64 bits)
  • Courir sous: Ubuntu 14.04.4 LTS

Première installation de la commande avec la commande

install.packages('caret', repos='http://cran.rstudio.com/')

a donné les messages d'erreur comme suit ...

* installing *source* package ‘minqa’ ...
** package ‘minqa’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gfortran   -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4  -c altmov.f -o altmov.o
/bin/bash: gfortran: command not found
make: *** [altmov.o] Error 127
ERROR: compilation failed for package ‘minqa’
* removing ‘/home/myusername/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/minqa’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘minqa’ had non-zero exit status
* installing *source* package ‘RcppEigen’ ...
** package ‘RcppEigen’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs

...

/usr/bin/ld: cannot find -llapack
/usr/bin/ld: cannot find -lblas
/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [RcppEigen.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘RcppEigen’

...

Puis j'ai essayé de courir

install.packages("RcppEigen")

Mais cela ne fonctionnait pas et donnait les mêmes erreurs à propos de llapack, etc.

Sudo apt-get install liblapack-dev

(cela installe les librairies nécessaires)

Et après cela, le commandement

install.packages("RcppEigen")

a très bien fonctionné et ainsi aussi 

install.packages('caret', repos='http://cran.rstudio.com/')

Donc, ce liblapack-dev était la réponse pour moi.

Bonne fin et merci pour les conseils dans cette discussion!

0
vtenhunen

J'ai eu un problème typique.
Quand j'ai commencé à charger des dépendances, j'ai trouvé une erreur:
was installed by an R version with different internals 

Réinstaller ces paquets m'a aidé

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Kirill Panin