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Sous-ensemble d'une matrice par row.names

J'ai une matrice avec les noms de ligne suivants:

"X1"   "X5"   "X33"  "X37"  "X52"  "X566"

Maintenant, je veux sélectionner uniquement les lignes qui correspondent aux entrées d'une liste, dites:

include_list <- c("X1", "X5", "X33")

J'imagine que je ferais quelque chose comme ça:

data.subset <- subset(data, row.names == include_list)

Cependant, ce code particulier ne semble pas faire l'affaire. Comment puis-je effectuer le sous-ensemble de cette manière?

rdata-manipulation
16
histelheim

Configurez de fausses données:

m <- matrix(1:30, 6, 5)
rownames(m) <- c("X1", "X5", "X33", "X37", "X52", "X566")
m
#      [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
# X1      1    7   13   19   25
# X5      2    8   14   20   26
# X33     3    9   15   21   27
# X37     4   10   16   22   28
# X52     5   11   17   23   29
# X566    6   12   18   24   30

Ici, il est probablement plus facile de sous-ensemble avec l'indexation matricielle ([):

include_list <- c("X1", "X5", "X33")
m[include_list, ]
#     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
# X1     1    7   13   19   25
# X5     2    8   14   20   26
# X33    3    9   15   21   27

Alternative avec fonction subset():

subset(m, rownames(m) %in% include_list)
#      [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
# X1     1    7   13   19   25
# X5     2    8   14   20   26
# X33    3    9   15   21   27
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Rich Scriven

Cela semble également fonctionner:

include_list <- head(read.csv("/Users/histelheim/include_list.csv", header = FALSE))
include_list <- c(do.call("cbind", include_list)) 
data[row.names(data) %in% include_list, ]
3
histelheim

Juste au cas où quelqu'un include_list est class list (plutôt que vector), alors c'est la modification de la réponse de Rich Scriven qui fonctionne dans ce cas en fonction de this . unlist() doit être ajouté:

m <- matrix(1:30, 6, 5)
rownames(m) <- c("X1", "X5", "X33", "X37", "X52", "X566")
include_list <- list("X1", "X5", "X33")


m[unlist(include_list), ]
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BanAnanas