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Superposition d'histogramme avec courbe de densité

J'essaie de créer un histogramme des valeurs de densité et de le superposer à la courbe d'une fonction de densité (et non à l'estimation de la densité).

En utilisant un exemple normal standard simple, voici quelques données:

x <- rnorm(1000)

Je peux faire:

q <- qplot( x, geom="histogram")
q + stat_function( fun = dnorm )

mais cela donne l'échelle de l'histogramme en fréquences et non en densités. avec ..density.. je peux obtenir la bonne échelle sur l'histogramme:

q <- qplot( x,..density.., geom="histogram")
q

Mais maintenant, cela donne une erreur:

q + stat_function( fun = dnorm )

Y a-t-il quelque chose que je ne vois pas?

Une autre question, est-il possible de tracer la courbe d’une fonction, telle que curve(), mais pas en tant que couche?

rggplot2
46
Sacha Epskamp

Voici!

# create some data to work with
x = rnorm(1000);

# overlay histogram, empirical density and normal density
p0 = qplot(x, geom = 'blank') +   
  geom_line(aes(y = ..density.., colour = 'Empirical'), stat = 'density') +  
  stat_function(fun = dnorm, aes(colour = 'Normal')) +                       
  geom_histogram(aes(y = ..density..), alpha = 0.4) +                        
  scale_colour_manual(name = 'Density', values = c('red', 'blue')) + 
  theme(legend.position = c(0.85, 0.85))

print(p0)
47
Ramnath

Une alternative plus simple que la réponse de Ramnath, dépassant la moyenne et l'écart type observés et utilisant ggplot au lieu de qplot:

df <- data.frame(x = rnorm(1000, 2, 2))

# overlay histogram and normal density
ggplot(df, aes(x)) +
  geom_histogram(aes(y = stat(density))) +
  stat_function(
    fun = dnorm, 
    args = list(mean = mean(df$x), sd = sd(df$x)), 
    lwd = 2, 
    col = 'red'
  )

 enter image description here

31
Axeman

Qu'en est-il d'utiliser geom_density() à partir de ggplot2? Ainsi:

df <- data.frame(x = rnorm(1000, 2, 2))

ggplot(df, aes(x)) + geom_histogram(aes(y=..density..)) + geom_density(col = "red")
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user29609