Utilisation de geom_line avec plusieurs regroupements
J'ai un tableau comme suit:
> testsizes
size value replicate lane
361 16 6898 1 L1
362 17 10707 1 L1
363 18 1786 1 L1
364 19 1721 1 L1
365 20 2454 1 L1
421 16 8486 2 L1
422 17 26691 2 L1
423 18 3241 2 L1
424 19 5068 2 L1
425 20 7579 2 L1
481 16 4152 3 L1
482 17 4452 3 L1
483 18 899 3 L1
484 19 1973 3 L1
485 20 2595 3 L1
571 16 8284 1 L2
572 17 9045 1 L2
573 18 5041 1 L2
574 19 7160 1 L2
575 20 9730 1 L2
631 16 5639 2 L2
632 17 9773 2 L2
633 18 2433 2 L2
634 19 3017 2 L2
635 20 3864 2 L2
691 16 10161 3 L2
692 17 18609 3 L2
693 18 3760 3 L2
694 19 3543 3 L2
695 20 4257 3 L2
> dput(testsizes)
structure(list(size = c(16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 16L, 17L, 18L,
19L, 20L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 16L,
17L, 18L, 19L, 20L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L), value = c(6898L,
10707L, 1786L, 1721L, 2454L, 8486L, 26691L, 3241L, 5068L, 7579L,
4152L, 4452L, 899L, 1973L, 2595L, 8284L, 9045L, 5041L, 7160L,
9730L, 5639L, 9773L, 2433L, 3017L, 3864L, 10161L, 18609L, 3760L,
3543L, 4257L), replicate = c("1", "1", "1", "1", "1", "2", "2",
"2", "2", "2", "3", "3", "3", "3", "3", "1", "1", "1", "1", "1",
"2", "2", "2", "2", "2", "3", "3", "3", "3", "3"), lane = c("L1",
"L1", "L1", "L1", "L1", "L1", "L1", "L1", "L1", "L1", "L1", "L1",
"L1", "L1", "L1", "L2", "L2", "L2", "L2", "L2", "L2", "L2", "L2",
"L2", "L2", "L2", "L2", "L2", "L2", "L2")), .Names = c("size",
"value", "replicate", "lane"), row.names = c(361L, 362L, 363L,
364L, 365L, 421L, 422L, 423L, 424L, 425L, 481L, 482L, 483L, 484L,
485L, 571L, 572L, 573L, 574L, 575L, 631L, 632L, 633L, 634L, 635L,
691L, 692L, 693L, 694L, 695L), class = "data.frame")
Je veux faire un tracé de ligne en utilisant ggplot qui montre le changement de valeur à travers les tailles. Pour le moment, je l'ai, parmi les autres combinaisons que j'ai essayées:
ggplot(testlengths, aes(size, value, group=replicate, colour=replicate))
+ geom_line()
Il semble qu'il essaie d'incorporer les deux voies dans la même série. Mais je ne peux pas trouver un moyen de définir les voies comme un autre facteur sur lequel se grouper. Je souhaite que les lignes soient regroupées en fonction des catégories de répliques et de voies. Les couloirs doivent être colorés mais les répétitions n'ont pas besoin d'être distinguées les unes des autres.
Je suis conscient que je peux probablement y parvenir en concaténant les deux groupes en un seul groupe au préalable. Cependant, avant de poursuivre dans cette voie, je me demande si ggplot peut regrouper par plusieurs groupements dans un tracé de ligne sans facettes (je dois utiliser les facettes plus tard pour un autre groupement)? Je pense que cela devrait être possible.
Basé sur mon commentaire sur l'interaction des deux:
ggplot(testsizes, aes(x = size, y = value,
group = interaction(replicate, lane),
colour = lane)) +
geom_line()
Qui donne:
Comme l'a souligné @joran, si ggplot pouvait le faire lui-même, ce serait tout simplement concaténer les deux groupes. Donc concaténer les deux groupes moi-même est la bonne voie à suivre et me donne le résultat souhaité:
> testlengths$replane <- paste(testlengths$replicate, testlengths$lane, sep="_")
> testlengths
size value replicate lane replane
361 16 6898 1 L1 1_L1
362 17 10707 1 L1 1_L1
363 18 1786 1 L1 1_L1
364 19 1721 1 L1 1_L1
365 20 2454 1 L1 1_L1
421 16 8486 2 L1 2_L1
422 17 26691 2 L1 2_L1
423 18 3241 2 L1 2_L1
424 19 5068 2 L1 2_L1
425 20 7579 2 L1 2_L1
481 16 4152 3 L1 3_L1
482 17 4452 3 L1 3_L1
483 18 899 3 L1 3_L1
484 19 1973 3 L1 3_L1
485 20 2595 3 L1 3_L1
571 16 8284 1 L2 1_L2
572 17 9045 1 L2 1_L2
573 18 5041 1 L2 1_L2
574 19 7160 1 L2 1_L2
575 20 9730 1 L2 1_L2
631 16 5639 2 L2 2_L2
632 17 9773 2 L2 2_L2
633 18 2433 2 L2 2_L2
634 19 3017 2 L2 2_L2
635 20 3864 2 L2 2_L2
691 16 10161 3 L2 3_L2
692 17 18609 3 L2 3_L2
693 18 3760 3 L2 3_L2
694 19 3543 3 L2 3_L2
695 20 4257 3 L2 3_L2
> ggplot(testlengths, aes(size, value, group=replane, colour=lane))
+ geom_line()
Je suppose que la morale ici est de faire autant de prétraitement que possible de votre table avant de la donner à ggplot.