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Erreur d'installation d'Avogadro 1.2 ubuntu 16. CMAKE faire

J'ai essayé d'installer Avogadro 1.2 dans Ubuntu 16.4. J'ai suivi toutes les étapes et installé toutes les dépendances manquantes. Finalement, je finis par recevoir cette erreur lors de la compilation: cmake ../ et effectuer l'étape de commande en fonction des instructions du fichier d'installation.

J'ai essayé différentes versions d'avogadro à partir de leur propre site à partir de github, toutes finissant par la même erreur. J'ai également supprimé eigen3 et installé la version eigen2 mais le même problème.

Mais cela fonctionne très bien dans ubuntu bionic bcoz, c’est le paquet par défaut. https://launchpad.net/ubuntu/+source/avogadro/1.2.0-4build1

Donc, si quelqu'un me guide avec l'installation à partir du lien ci-dessus ou corrige l'erreur ci-dessous, je suis heureux.

surya@surya-Inspiron-N5010:~/avogadro-master/build$ make
[  0%] Generating moc_elementcolor.cxx
Scanning dependencies of target elementcolor
[  0%] Building CXX object libavogadro/src/colors/CMakeFiles/elementcolor.dir/elementcolor.cpp.o
In file included from /usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/atom.h:33:0,
                 from /usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/mol.h:42,
                 from /home/surya/avogadro-master/libavogadro/src/colors/elementcolor.cpp:31:
/usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/base.h:287:68: warning: unused parameter ‘replaceNewlines’ [-Wunused-parameter]
       virtual const char  *GetTitle(bool UNUSED(replaceNewlines) = true) const { return "";}
                                                                    ^
[  1%] Building CXX object libavogadro/src/colors/CMakeFiles/elementcolor.dir/moc_elementcolor.cxx.o
[  1%] Linking CXX static library elementcolor.a
[  1%] Built target elementcolor
[  1%] Generating ui_bsdysettingswidget.h
[  1%] Generating moc_bsdyengine.cxx
Scanning dependencies of target bsdyengine
[  1%] Building CXX object libavogadro/src/engines/CMakeFiles/bsdyengine.dir/bsdyengine.cpp.o
In file included from /usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/atom.h:33:0,
                 from /usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/mol.h:42,
                 from /home/surya/avogadro-master/libavogadro/src/engines/bsdyengine.cpp:39:
/usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/base.h:287:68: warning: unused parameter ‘replaceNewlines’ [-Wunused-parameter]
       virtual const char  *GetTitle(bool UNUSED(replaceNewlines) = true) const { return "";}
                                                                    ^
[  1%] Building CXX object libavogadro/src/engines/CMakeFiles/bsdyengine.dir/moc_bsdyengine.cxx.o
In file included from /home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/include/avogadro/primitivelist.h:29:0,
                 from /home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/include/avogadro/engine.h:37,
                 from /home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/src/engines/../../../../libavogadro/src/engines/bsdyengine.h:29,
                 from /home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/src/engines/moc_bsdyengine.cxx:9:
/home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/include/avogadro/primitive.h:42:23: warning: ‘Avogadro::FALSE_ID’ defined but not used [-Wunused-variable]
   const unsigned long FALSE_ID = std::numeric_limits<unsigned long>::max();
                       ^
[  1%] Linking CXX static library bsdyengine.a
[  1%] Built target bsdyengine
[  1%] Generating qrc_navigatetool.cxx
[  1%] Generating moc_navigatetool.cxx
[  1%] Generating ui_navigatesettingswidget.h
Scanning dependencies of target navigatetool
[  2%] Building CXX object libavogadro/src/tools/CMakeFiles/navigatetool.dir/navigatetool.cpp.o
[  2%] Building CXX object libavogadro/src/tools/CMakeFiles/navigatetool.dir/eyecandy.cpp.o
In file included from /home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/include/avogadro/Painter.h:33:0,
                 from /home/surya/avogadro-master/libavogadro/src/tools/eyecandy.cpp:30:
/home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/include/avogadro/primitive.h:42:23: warning: ‘Avogadro::FALSE_ID’ defined but not used [-Wunused-variable]
   const unsigned long FALSE_ID = std::numeric_limits<unsigned long>::max();
                       ^
[  2%] Building CXX object libavogadro/src/tools/CMakeFiles/navigatetool.dir/moc_navigatetool.cxx.o
[  2%] Building CXX object libavogadro/src/tools/CMakeFiles/navigatetool.dir/qrc_navigatetool.cxx.o
[  2%] Linking CXX static library navigatetool.a
[  2%] Built target navigatetool
[  2%] Generating libavogadro_sv.qm
lconvert: could not exec '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/qt4/bin/lconvert': No such file or directory
libavogadro/src/CMakeFiles/avogadro.dir/build.make:486: recipe for target 'libavogadro/src/libavogadro_sv.qm' failed
make[2]: *** [libavogadro/src/libavogadro_sv.qm] Error 1
CMakeFiles/Makefile2:148: recipe for target 'libavogadro/src/CMakeFiles/avogadro.dir/all' failed
make[1]: *** [libavogadro/src/CMakeFiles/avogadro.dir/all] Error 2
Makefile:149: recipe for target 'all' failed
make: *** [all] Error 2
software-installationcompilingmake
2
user3241355

Vous pouvez voir les révisions de cette réponse pour obtenir la confirmation que la version 1.2 ne compile pas sous Ubuntu 16.04 LTS en raison de problèmes liés aux fonctions OpenBabel et aux dépendances associées.

Nous envisageons donc d'utiliser le mécanisme schroot . Il créera un petit système 18.04 LTS dans votre système 16.04 LTS existant. Les deux utiliseront le même système de fichiers.

Pour configurer schroot, vous devez exécuter les commandes suivantes (il suffit de les copier et de les coller):

Sudo apt-get install schroot debootstrap -y

cat <<EOF | Sudo tee /etc/schroot/chroot.d/bionic.conf
[bionic]
description=Ubuntu 18.04
directory=/srv/chroot/bionic
root-users=$USER
type=directory
users=$USER
EOF

Sudo mkdir -p /srv/chroot/bionic
Sudo debootstrap bionic /srv/chroot/bionic

cat <<EOF | Sudo tee /srv/chroot/bionic/etc/apt/sources.list
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu bionic main restricted universe multiverse
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main restricted universe multiverse
EOF

schroot -c bionic -u root apt-get update
schroot -c bionic -u root apt-get install avogadro

Pour exécuter Avogardo 1.2 depuis un terminal, vous devez exécuter:

schroot -c bionic env DISPLAY=:0.0 avogadro

Vous pouvez éventuellement créer le fichier Avogadro.desktop et le placer sur le bureau:

cat <<EOF > ~/Desktop/Avogadro.desktop
[Desktop Entry]
Version=1.2
Name=Avogadro
GenericName=Advanced molecular editor
Comment=Molecular Graphics and Modelling System
Exec=schroot -c bionic env DISPLAY=:0.0 avogadro
Icon=/srv/chroot/bionic/usr/share/pixmaps/avogadro-icon.png
Terminal=false
Type=Application
Categories=Qt;Science;Chemistry;Physics;Education;
StartupNotify=true
MimeType=chemical/x-cif;chemical/x-cml;chemical/x-daylight-smiles;chemical/x-gamess-input;chemical/x-gamess-output;chemical/x-gaussian-log;chemical/x-mopac-out;chemical/x-pdb;chemical/x-xyz;chemical/x-gaussian-checkpoint;chemical/x-gaussian-cube;chemical/x-qchem-output;
EOF

chmod +x ~/Desktop/Avogadro.desktop

Et profitez de l'application:

Avogadro 1.2 on 16.04 LTS

1
N0rbert
walt@bat:~(1)$ apt-cache search lconvert
libv4l-0 - Collection of video4linux support libraries
libv4l-dev - Collection of video4linux support libraries (development files)
libv4lconvert0 - Video4linux frame format conversion library
qt4-dev-tools - Qt 4 development tools
addresses-goodies-for-gnustep - Personal Address Manager for GNUstep (Goodies)
walt@bat:~(0)$

Avez-vous besoin d'installer certains de ces packages?

0
waltinator